中文网站
Þakka þér fyrir að heimsækja Nature.com. Þú ert að nota vafraútgáfu með takmörkuðum CSS stuðningi. Til að fá bestu upplifunina mælum við með að þú notir uppfærðan vafra (eða slökkva á eindrægni í Internet Explorer). Að auki, til að tryggja áframhaldandi stuðning, sýnum við vefinn án stíl og JavaScript.
Sýnir hringekju þriggja rennibrautar í einu. Notaðu fyrri og næstu hnappa til að fara í gegnum þrjár skyggnur í einu, eða notaðu rennihnappana í lokin til að fara í gegnum þrjár skyggnur í einu.
Síðan Coronavirus sjúkdómurinn 2019 (Covid-19) braust út, hafa mörg atvinnukjarnasýrupróf (NAAT) verið þróuð um allan heim og hafa orðið venjulegar prófanir. Þrátt fyrir að nokkur próf hafi verið fljótt þróuð og beitt við greiningarpróf á rannsóknarstofum hefur árangur þessara prófa ekki verið metinn í ýmsum stillingum. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta árangur Abbott SARS-Cov-2, Daan gensins, BGI og Sansure líftækniprófa með samsettum viðmiðunarstaðli (CRS). Rannsóknin var gerð á Eþíópíu Public Health Institute (EPHI) frá 1. til 30. desember 2020. 164 Nasopharyngeal sýni voru dregin út með því að nota Qiaamp RNA Mini Kit og Abbott DNA sýnishornakerfi. Af 164 sýnum voru 59,1% jákvæð og 40,9% voru neikvæð fyrir CRS. Sansure líftækni jákvæðni var marktækt lítil miðað við CRS (p <0,05). Sansure líftækni jákvæðni var marktækt lítil miðað við CRS (p <0,05). Положителные резаыаы Sansure Biotech ыи значително ниже по сравнению с crs (p <0,05). Jákvæðar niðurstöður Sansure Biotech voru marktækt lægri miðað við CRS (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05） Þú sansure Biotech ыо значително менше положителных р ьатов по сравнию с cr (p <0,05). Sansure Biotech hafði marktækt færri jákvæðar niðurstöður samanborið við CRS (P <0,05).Heildarsamningur greininganna fjögurra var 96,3–100% miðað við CRS. Til viðbótar við lágt jákvæðnihlutfall sansure líftækni var árangur fjögurra prófana næstum sambærilegur. Sem slíkur krefst Sansure Biotech [Research (Research (Ruo)] prófið frekari staðfestingu fyrir notkun þess í Eþíópíu. Að lokum ætti að íhuga frekari rannsóknir til að meta prófanir með viðeigandi kröfum framleiðanda.
Rannsóknarstofuprófun er hluti af Alþjóðaheilbrigðismálastofnuninni (WHO) stefnumótandi áætlun um kransæðasjúkdóm 2019 (Covid-19) viðbúnaðar og viðbrögð (SPRP). Sem ráðleggur að lönd þurfi að byggja upp getu rannsóknarstofu til að bæta viðbúnað, rétta málastjórnun, árvekni og skjót viðbrögð við áskorunum um lýðheilsu. Þetta bendir til þess að hlutverk rannsóknarstofunnar sé lykillinn að því að einkenna sjúkdóminn og faraldsfræði nýrra smitandi lyfja og stjórna útbreiðslu þeirra.
Greining á Covid-19 krefst faraldsfræðilegra og læknisfræðilegra upplýsinga, persónulegra einkenna/einkenna og röntgenmynda og rannsóknarstofu. Þar sem greint var frá Covid-19 braust út í Wuhan, Kína, hafa mörg atvinnufrumukjarnasýrupróf (NAAT) verið þróuð um allan heim. Rauntíma öfug umritun fjölliðu keðjuverkun (RRT-PCR) hefur verið notuð sem venjubundin og staðlað aðferð til að greina rannsóknarstofu á alvarlegu bráðu öndunarheilkenni 2 (SARS-CoV-2) 3 sýking. Sameindagreining á SARS-CoV-2 er venjulega byggð á N (núkleókapíd prótein geninu), E (umslagsprótein gen) og RDRP (RNA-háð RNA fjölliðu geni) í ORF1A/B (opnum lestrargrind 1A/B). Gen) svæði greind frá veiru genamenginu. Þeir eru taldir vera helstu varðveittu svæðin sem finnast í veiru genum til að þekkja vírusar4. Meðal þessara gena hafa RDRP og E genin mikla greiningarnæmi en N genið hefur lítið greiningarnæmi5.
Árangur PCR prófana getur verið breytilegur eftir ýmsum þáttum eins og: útdráttarhvarfefnum, mögnun/uppgötvunarhvarfefni, útdráttaraðferð, gæði PCR vélarinnar og annarra hljóðfæra. Frá og með apríl 2020 hafa meira en 48 mismunandi greiningartæki frá níu löndum fengið leyfi til neyðarnotkunar (EUA) til COVID-196 greiningar. Í Eþíópíu eru meira en 14 rauntíma PCR pallar notaðir til PCR uppgötvunar SARS-CoV-2 við 26 lýðheilsustofnanir, þar á meðal ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 og Quant-Studio7. Að auki eru ýmsir PCR prófunarsettir tiltækir, svo sem Daan genapróf, Abbott SARS-CoV-2 próf, sansure líftæknipróf og SARS-CoV-2 BGI próf. Þrátt fyrir að RRT-PCR sé mjög viðkvæmur, tilkynna sumir sjúklingar með Covid-19 rangar neikvæðar niðurstöður vegna ófullnægjandi afrits af veiru ríbónucleic acid (RNA) í sýnum vegna óviðeigandi söfnunar, flutninga, geymslu og meðhöndlunar og rannsóknarstofuprófa. aðstæður og aðgerðir starfsmanna8. Að auki getur sýnishorn eða stjórnun misnandi, hringrásarþröskuld (CT) og krossviðbrögð við aðrar sjúkdómsvaldandi kjarnsýrur eða óvirkar/leifar SARS-CoV-2 RNA leitt til rangra jákvæðra niðurstaðna í RRT-PCR9 prófunum. Þannig er ljóst að PCR próf geta örugglega greint burðarefni genabrota, þar sem þau geta ekki einu sinni greint á milli sannarlega virkra veiru gena, þannig að prófin geta aðeins greint burðarefni en ekki sjúklinga10. Þess vegna er mikilvægt að meta greiningarárangur með stöðluðum aðferðum við stillingu okkar. Þrátt fyrir að mörg NAAT hvarfefni séu fáanleg á Eþíópíu Public Health Institute (EPHI) og um allt land hefur enn ekki verið greint frá því að samanburðarmat á virkni þeirra. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta samanburðarárangur viðskipta sem eru fáanlegir í atvinnuskyni til að greina SARS-CoV-2 með RRT-PCR með klínískum sýnum.
Alls voru 164 þátttakendur með grun um Covid-19 með í þessari rannsókn. Meirihluti sýnanna var frá meðferðarmiðstöðvum (118/164 = 72%) en 46 (28%) þátttakendur sem eftir voru voru frá miðstöðvum sem ekki voru meðhöndlaðir. Meðal þátttakenda sem ekki voru meðhöndlaðir í miðstöðinni höfðu 15 (9,1%) klínískt grun um tilvik og 31 (18,9%) höfðu samband við staðfest tilvik. Níutíu og þrír (56,7%) þátttakendur voru karlkyns og meðaltal (± SD) aldur þátttakenda var 31,10 (± 11,82) ár.
Í þessari rannsókn var ákvarðað jákvætt og neikvætt tíðni fjögurra prófa fyrir Covid-19. Þannig var jákvæða tíðni Abbott SARS-Cov-2 prófsins, Daan Gene 2019-NCOV prófið, SARS-CoV-2 BGI próf og Sansure Biotech 2019-NCOV prófun 59,1%, 58,5%, 57,9% og 55,5% í sömu röð. Jákvæð og neikvæð samsett viðmiðunarstaðall (CRS) stig voru 97 (59,1%) og 67 (40,9%), í sömu röð (tafla 1). Í þessari rannsókn var skilgreiningin á CRS byggð á „hvaða jákvæðu“ reglu, þar sem af fjórum niðurstöðum prófanna voru tvær eða fleiri prófaniðurstöður sem gáfu sömu niðurstöðu taldar sannar jákvæðar eða neikvæðar.
Í þessari rannsókn fundum við neikvætt prósentusamning (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) fyrir allar greiningar miðað við CRS. Sansure líftækni greiningin sýndi lágmarks PPA 93,8% (95% CI 87,2-97,1) og Daan Gen 2019-NCOV greiningin hafði heildarsamninginn 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Aftur á móti var heildarsamningur milli SARS-CoV-2 BGI prófsins og Sansure Biotech 2019-NCOV prófið 98,8% og 96,3%, í sömu röð (tafla 2).
KAPPA-stuðull Cohen á samkomulagi milli CRS og Abbott SARS-CoV-2 niðurstaðna var að fullu í samræmi (k = 1,00). Að sama skapi eru Kappa gildi Cohen sem greindust af Daan Gene 2019-NCOV, SARS-CoV-2 BGI og Sansure Biotech 2019-NCOV einnig í fullu samræmi við CRS (K ≥ 0,925). Í þessari samanburðargreiningu sýndi Chi-square prófið (McNemar próf) að niðurstöður Sansure Biotech 2019-NCOV voru marktækt frábrugðnar CRS niðurstöðum (p = 0,031) (tafla 2).
Eins og sýnt er á mynd.1 Hlutfall af lægsta CT gildi (<20 ct) af ABBOTT SARS-CoV-2 prófun (samanlagt RDRP og N gen) var 87,6% og ORF1A/B gen CT gildi Sansure Biotech 2019-NCOV greiningar sýndi að hlutfall lágs CT gildi (<20 CT) var 50,3% og hátt CT gildi (36–40 CT) var 3,2%. 1 Hlutfall af lægsta CT gildi (<20 ct) af ABBOTT SARS-CoV-2 prófun (samanlagt RDRP og N gen) var 87,6% og ORF1A/B gen CT gildi Sansure Biotech 2019-NCOV greiningar sýndi að hlutfall lágs CT gildi (<20 CT) var 50,3% og hátt CT gildi (36–40 CT) var 3,2%.Eins og sýnt er á mynd.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа abbott sars -cov-2 (коминиованый ген rDRp и n) сосав 87,6%, а з з зóst гена гена гена гена гена гена гена гена гена а г г г г г г г ’ Orf1a/b анализа sansure líftækni 2019-ncov показо чо процент низого значения ct (<20 ct) сосавourл 50,3%, а а 20 ct). сосавля 3,2%. 1, the percentage of the lowest Ct value (< 20 Ct) analysis of Abbott SARS-CoV-2 (combined gene RdRp and N) was 87.6%, and the Ct value of ORF1a/b gene analysis of Sansure Biotech 2019-nCoV showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) accounted for 50.3%, and high value Ct (36–40 Ct) accounted for 3,2%.如图 1 所示 ， ABBOTT SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因）） 的最低 的最低 CT 值百分比（ <20 ct） 87,6%， Sansure Biotech 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 高 CT 值 (36–40 CT) 的百分比为 3.2 Eins og sýnt er á mynd 1, er lægsta CT gildi hlutfall (<20 ct) Abbott SARS-CoV-2 prófsins (samsetning RDRP og N gena) 87,6%, ORF1A/B genið CT gildi Sansure Biotech 2019-NCOV prófið sýnir lágt CT 值 (<20 CT) 的 Prótent er 50,3%, 高 CT 值 (36-40 CT) 的 Prótent er 50,3%, 高 CT 值 (36-40 CT) 的 Prótent er 50,3%, 高 CT 值 (36-40 CT) er 50,3%, 高 CT 值 (36-40 CT) er 50,3%, 高 CT 值 (36-40 C-prósenta er 50,3%, 高 CT 值 (3 “ 3,2%. Как показано на риснке 1, а а, Abbott Sars-Cov-2 (сочетающий гены rDrp и n) имел самое низое процентнтначение зо <20 ct) ‘ 87,6%87,6%, значение ct гена orf1a/b в иседованиunk sansure Biotech 2019- анал NCOV показал низий ct. Eins og sýnt er á mynd 1 var Abbott SARS-CoV-2 prófið (að sameina RDRP og N genin) lægsta hlutfall CT gildi (<20 ct) við 87,6%, en CT gildi ORF1A/B gensins í Sansure Biotech 2019 rannsókninni-greiningin á NCOV sýndi lágt CT. Процент значений (<20 ct) сосавил3%, процент ыоких значений ct (36–40 ct) сосавил2%. Hlutfall gildi (<20 ct) var 50,3%og hlutfall hás CT gildi (36–40 ct) var 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B prófið skráði CT gildi yfir 30. Aftur á móti var á BGI SARS-CoV-2 prófun ORF1A/B genið hátt CT gildi (> 36 ct) hlutfall 4% (mynd 1). Aftur á móti var á BGI SARS-CoV-2 prófun ORF1A/B genið hátt CT gildi (> 36 ct) hlutfall 4% (mynd 1). С друой сороны, а анализе bgi sars-Cov-2 ген orf1a/b имел ыоке значение ct (> 36 ct), процент?). Aftur á móti, í greiningunni á BGI SARS-CoV-2 geni ORF1A/B hafði hátt CT gildi (> 36 ct), en hlutfall þeirra var 4% (mynd 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值（> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。 Aftur á móti, í BGI SARS-CoV-2 uppgötvun, er hlutfall ORF1A/B gena með hátt CT gildi (> 36 ct) 4% (mynd 1). С друой сороны, а анализе bgi sars -cov-2 поцент генов orf1a/b с ыокими значениями ct (> 36 ct) сосавил 4% (‘él. 1). Aftur á móti, í BGI SARS-CoV-2 greiningunni, var hlutfall ORF1A/B genanna með há CT gildi (> 36 ct) 4% (mynd 1).
Í þessari rannsókn tókum við 164 nasopharyngeal sýni. Fyrir allar tegundir af prófum var RNA einangrun og mögnun framkvæmd með aðferðum og pökkum sem viðkomandi framleiðendur mæltu með.
Þessi rannsókn sýndi fram á að próf Abbott fyrir SARS-CoV-2 hefur sömu uppgötvunarárangur og CRS, með 100% jákvætt, neikvætt og heildar samsvörun. Kappa samningur Cohen er 1,00, sem gefur til kynna að fullu samkomulagi við CRS. Svipuð rannsókn háskólans í Washington í Bandaríkjunum komst að því að heildarnæmi og sértæki Abbott prófsins fyrir SARS-CoV-2 var 93% og 100%, í sömu röð, samanborið við rannsóknarstofuákveðna prófun (LDA) CDC. 11. Rannsókn í Vín, Austurríki, sýndi einnig að stórt útdráttarúrtak og greiningarlækkunarrúmmál lágmarkaði þynningaráhrif og aukna skilvirkni greiningar13. Þannig getur fullkominn samsvörun Abbott við SARS-CoV-2 prófið tengt greiningarkerfi pallsins sem greinir samtímis samsetningargen, dregur úr miklum fjölda sýna (0,5 ml) og notar mikið magn af skolefni (40 µL).
Niðurstöður okkar sýndu einnig að árangursárangur Daan erfðaprófsins var næstum því sama og CRS. Þetta er í samræmi við rannsókn14 sem gerð var við Anhui háskólann í Huainan í Kína og kröfu framleiðandans um 100% jákvætt samkomulag. Þrátt fyrir fregnir af stöðugum niðurstöðum var eitt sýnishorn rangt neikvætt eftir að hafa prófað það sama, en var jákvætt í Abbott Sars-Cov-2 og Sansure Biotech NCOV-2019 prófunum. Þetta bendir til þess að það geti verið breytileiki í niðurstöðum í mismunandi gerðum af prófum. Engu að síður, í rannsókninni sem gerð var í Kína15, var niðurstaða Daan genagreiningarinnar marktækt frábrugðin (p <0,05) samanborið við rannsóknarstofu þeirra tilvísunar. Engu að síður, í rannsókninni sem gerð var í Kína15, var niðurstaða Daan genagreiningarinnar marktækt frábrugðin (p <0,05) samanborið við rannsóknarstofu þeirra tilvísunar. Тем не менеee, в иедованиииkvæð, проведенном китае15, резат анала daan gen значително оичаля (P <0,05) лабораторного эалонного а анализа. Í rannsókn í Kína15 var greiningarniðurstaða Daan Gen þó marktækt frábrugðin (p <0,05) frá rannsóknarstofu viðmiðunargreiningar þeirra.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Онако в иедованииbb, проведенном китае15, резаыаы генетичесо еса daan значително ичал ((p <0,05) сравнению с ео эалонны лабораторны тесом. Í rannsókn í Kína15 voru niðurstöður erfðaprófs Daan þó marktækt frábrugðnar (p <0,05) samanborið við viðmiðunarrannsóknarstofupróf.Þetta misræmi getur verið vegna næmni viðmiðunarprófsins til að greina SARS-CoV-2 og frekari rannsóknir geta verið mikilvægar til að ákvarða orsökina.
Að auki metur rannsókn okkar samanburðarárangur SARS-CoV-2 BGI prófsins með CRS, sem sýndi framúrskarandi jákvæða prósentusamning (PPA = 97,9%), neikvætt prósentusamning (NPA = 100%) og heildarprósentusamningur eftir kyni (OPA). ). = 98,8%). Kappa gildi Cohen sýndu gott samkomulag (k = 0,975). Rannsóknir í Hollandi16 og Kína15 hafa sýnt stöðuga niðurstöður. SARS-CoV-2 BGI prófið er eitt gen (ORF1A/B) uppgötvunarpróf með því að nota 10 µL magnun/uppgötvun. Þrátt fyrir gott tölfræðilegt samkomulag við viðmiðunarárangur okkar missti greiningin tvö jákvæð sýni (1,22%) af heildarúrtakinu. Þetta getur haft gríðarlegar klínískar afleiðingar fyrir smitvirkni bæði á sjúklingi og samfélagsstigum.
Önnur samanburðargreining sem var innifalin í þessari rannsókn var Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) prófið; Heildarprósentuhlutfallið var 96,3%. Styrkur samkomulagsins var einnig ákvarðaður af Kappa gildi Cohen, sem var 0,925, sem benti til fulls samkomulags við CRS. Aftur eru niðurstöður okkar eins og rannsóknir sem gerðar voru við Central South University í Changsha, Kína og á klínískri rannsóknarstofudeild Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, Kína17. Jafnvel þó að ofangreind góð tölfræðileg samkvæmni hafi verið skráð, sýndi Chi-square prófið (MacNemar prófið) að niðurstaða sansure líftækni hefur haft tölfræðilega marktækan mun miðað við CRS (p <0,005). Jafnvel þó að ofangreind góð tölfræðileg samkvæmni hafi verið skráð, sýndi Chi-square prófið (MacNemar prófið) að niðurstaða sansure líftækni hefur haft tölfræðilega marktækan mun miðað við CRS (p <0,005). Несотря на то, чо ыо за Fewфирано уазанное ыше хороше сатисичесое сответвие, критеæna хи-адатónaт (критерий макнемара) показал, чо резетат анализа sansure Biotech иее сатисичеси значимое р сичие п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п п. 0,005). Þrátt fyrir að góði tölfræðissamningurinn hér að ofan hafi verið skráður, sýndi Chi-square prófið (McNemar prófið) að niðurstaða sansure líftækni prófsins hafði tölfræðilega marktækan mun miðað við CRS (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ MacNemar 检验） 表明 ， sansure líftækni 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 ， ， 但 检验 （（ Macnemar 检验 表明 ， ， sansure líftækni 检测 结果 与 CRS 相比 具有 显着 （（ P <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））） НесотрObb оа оечеченond ыше хорошш сеченond ыше хорошеее сатисичskra ооветвие, керитерий хи-кв) сатисичеси значим разниц (p <0,005) меж анализом sansure Biotech enti crs. Þrátt fyrir góða tölfræðilega samkomulagið sem fram kemur hér að ofan sýndi Chi-square prófið (McNemar prófið) tölfræðilega marktækan mun (p <0,005) á milli sansure líftækni og CRS.Sex sýni (3,66%) reyndust vera rangar neikvæðar samanborið við CRS (viðbótartafla 1); Þetta er mjög mikilvægt, sérstaklega í ljósi virkni sendingar vírusins. Ofangreind gögn styðja einnig þetta lágt uppgötvunarhlutfall15.
Í þessari rannsókn voru CT gildi ákvörðuð fyrir hvern próf og viðkomandi vettvang, með lægsta meðaltal CT gildi sem greint var frá í Abbott SARS-CoV-2 prófinu. Þessi niðurstaða getur tengst samtímis samsettri erfðaprófunarkerfi Abbott til að greina SARS-CoV-2. Þess vegna, samkvæmt mynd 1, höfðu 87,6% af niðurstöðum Abbott SARS-CoV-2 CT gildi undir 20. Aðeins lítill fjöldi sýnishorns (12,4%) var á 20-30 sviðinu. CT gildi yfir 30 voru ekki skráð. Til viðbótar við notkun Abbott á SARS-CoV-2 pallborðs erfðaprófunarsniðinu, getur þessi niðurstaða tengst lægri greiningarmörkum (32,5 RNA eintök/ml) 18, sem er þrisvar sinnum lægri en neðri mörk fyrirtækisins 100 RNA eintök/ml. ml) 19.
Þessi rannsókn hefur nokkrar takmarkanir: Í fyrsta lagi höfum við ekki staðlaðar/viðmiðunaraðferðir [svo sem veiruálag eða önnur rannsóknarstofupróf (LDA)] vegna skorts á auðlindum. Í öðru lagi voru öll sýni sem notuð voru í þessari rannsókn nasopharyngeal þurrku, meðan niðurstöðurnar áttu ekki við um aðrar tegundir sýnishorns, og í þriðja lagi var sýnisstærð okkar lítil.
Þessi rannsókn bar saman árangur fjögurra RRT-PCR prófana fyrir SARS-CoV-2 með því að nota nasopharyngeal sýni. Allar uppgötvunargreiningar höfðu næstum sambærilega frammistöðu, að undanskildum Sansure líftækni. Að auki var lágt jákvæðni greind í sansure líftækni greiningunni samanborið við CRS (p <0,05). Að auki var lágt jákvæðni greind í sansure líftækni greiningunni samanborið við CRS (p <0,05). Кроме тог, весе sansure Biotech ы ыявлензезий процент полителных р ьатов по сравitipunk с crs (p <0,05). Að auki sýndi Sansure Biotech prófið lágt hlutfall af jákvæðum árangri samanborið við CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure líftækni 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure líftækni 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме тог, анализ Sansure Biotech имел боле низий уровень полителных разатов по сравнию с crs (p <0,05). Að auki hafði sansure líftækniprófið lægra jákvæðni miðað við CRS (p <0,05).Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) greining á PPA, NPA og heildarsamningi fór yfir 93,5% með Cohen Kappa styrkleika samkomulagsgildi 0,925. Að lokum þarf Sansure Biotech Assay (RUO) frekari staðfestingu til notkunar í Eþíópíu og íhuga ætti frekari rannsóknir til að meta fullyrðingar frá einstökum framleiðendum.
Samanburðarrannsóknarhönnun var gerð á fjórum heilsugæslustöðvum í Addis Ababa, Eka Kotebe sjúkrahúsinu, Millennium Church Treatment Center, Zewooditu Memorial Hospital og St. Peter's Berkulosis Specialist Hospital. Gögnum var safnað milli 1. og 31. desember 2020. Læknisaðstaða fyrir þessa rannsókn var markvisst valin út frá miklum fjölda þeirra og framboð á helstu meðferðarstöðvum í borginni. Á sama hátt voru hljóðfæri, þar á meðal ABI 7500 og Abbott M2000 PCR hljóðfæri í rauntíma, valin samkvæmt tilmælum framleiðenda NAAT hvarfefnisins og fjórir PCR uppgötvunarsetningar voru valdir fyrir þessa rannsókn, þar sem flestar rannsóknarstofur í Eþíópíu notuðu að minnsta kosti að minnsta kosti fjóra þeirra. Genapróf, Abbott SARS-CoV-2 próf, sansure líftæknipróf og SARS-CoV-2 BGI próf sem gerð var við rannsóknina).
Prófanir á SARS-CoV-2 voru gerðar frá 1. til 30. desember 2020 með því að nota 3 ml af veiruflutningamiðli (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kína) frá einstaklingum sem voru til rannsóknar vegna Covid-19 sem vísað var til EPHI. Nasopharyngeal sýnum var safnað af þjálfuðum sýnishornum og send til Ephi í þreföldum pakkningum. Fyrir einangrun kjarnsýru er hverju sýni úthlutað einstakt auðkennisnúmer. Útdráttur er framkvæmdur úr hverju sýni strax við komu með handvirkum og sjálfvirkum útdráttaraðferðum. Fyrir sjálfvirka útdrátt Abbott M2000, var 1,3 ml (þar með talið 0,8 ml dautt rúmmál og 0,5 ml útdráttarrúmmál sýnisins) dregið út úr hverju sýni og farið í gegnum Abbott DNA sýnishornakerfið (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Hópur af 96 [92 sýnum, tveimur uppgötvunarstýringum og tveimur stjórntækjum sem ekki voru template (NTC)] var með í heildarferlinu (sókn og uppgötvun) tveggja umferðir SARS-CoV-2 (EUA) í rauntíma. Námuvinnsla. Að sama skapi notaðu sömu sýni fyrir handvirka útdrátt (til sjálfvirkrar útdráttar og uppgötvunar). Þannig, í öllu ferlinu, voru 140 µl sýni skipt saman og dregin út með því að nota Qiaamp veiru RNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Þýskaland) í lotur af 24 (þar af 20 sýnum, tveimur greiningarstýringum og tveimur NTC) í níu umferðum. Handvirkt útdregin eluat voru magnuð og greind með því að nota ABI 7500 hitauppstreymi með SARS-CoV-2 BGI prófun, Daan genagreiningu og sansure líftækni.
Sjálfvirk einangrun og hreinsun SARS-CoV-2 veiru RNA fylgir segulperlureglunni með því að nota Abbott DNA sýnishorn. Að virkja sýni og leysa upp veiru agnir er framkvæmd með því að nota þvottaefni sem inniheldur guanidín ísóþíósýanat til að afnema próteinið og óvirkja rnase. RNA er síðan aðskilið frá próteininu með föstu fasa aðskilnaði með kísil, þ.e. guanidinium saltinu og basískt sýrustig lysis stuðpúðarins stuðla að bindingu kjarnsýranna við kísil (SiO2). Skolunarskrefið fjarlægir prótein og rusl sem eftir er til að framleiða skýra lausn. Gegnsætt RNA er einangrað frá kísilbundnum öragnum með segulsvið tækisins2020. Aftur á móti er handvirk einangrun og hreinsun RNA framkvæmd með snúningssúluaðferðinni með því að nota skilvindu í stað segulmagns og aðskilnaðar öragna frá skolunum.
Abbott Real-Time SARS-CoV-2 uppgötvunarprófið (Abbott Molecular, Inc.) var framkvæmt samkvæmt leiðbeiningum framleiðanda, sem fékk EUA19,22 frá WHO og FDA. Í þessari samskiptareglu var gerð óvirkjun sýnisins áður en útdráttur var gerður í vatnsbaði við 56 ° C í 30 mínútur. Eftir óvirkjun vírusa var kjarnsýruútdráttur gerður á ABBOTT M2000 SP tæki frá 0,5 ml VTM með því að nota ABBOTT M2000 DNA sýnishornsframleiðslukerfi. Samkvæmt framleiðandanum. Mögnun og uppgötvun var framkvæmd með því að nota ABBOTT M2000 RT-PCR tæki og tvöföld uppgötvun var framkvæmd fyrir RDRP og N genin. ROX) og VIC P (sér litarefni) til að miða og greina innra eftirlit, sem gerir kleift samtímis uppgötvun beggja magnunarafurða 19.
Aðferðargreiningaraðferð þessa búnaðar er byggð á einu skrefi RT-PCR tækni. ORF1A/B og N genin voru valin sem varðveitt svæði af Daan Gene Technology til að greina magnun á markasvæðinu. Sértækir grunnar og flúrperur (N genarannsóknir sem eru merktir með FAM, ORF1A/B rannsakar merktir með VIC) hafa verið hannaðir til að greina SARS-CoV-2 RNA í sýnum. Endanleg skolefni og meistarablöndur voru framleiddar með því að bæta 5 µl af skolefni í 20 µl af aðalblöndunni við lokamagnið 25 µl. Mögnun og uppgötvun var framkvæmd samtímis á ABI 750024 PCR tæki í rauntíma.
ORF1A/B og N genin greindust með því að nota Sansure Biotech NCOV-2019 kjarnsýrugreiningarbúnaðinn (flúrperu PCR uppgötvun). Undirbúðu sérstaka rannsaka fyrir hvert markgen með því að velja FAM rásina fyrir ORF1A/B svæðið og Rox rásina fyrir N genið. Við þetta prófunarbúnað er skolefni og meistarablöndu hvarfefni bætt við á eftirfarandi hátt: Undirbúið 30 µl Master Mix hvarfefni og 20 µl skolað sýni til að greina/mögnun. Rauntíma PCR ABI 750025 var notað til að magna/uppgötvun.
SARS-CoV-2 BGI prófið er flúrljómandi rauntíma RRT-PCR sett til greiningar á Covid-19. Markmiðið er staðsett á ORF1A/B svæðinu í SARS-CoV-2 genamenginu, sem er ein genagreiningaraðferð. Að auki er manna heimilishald genið ß-aktín innra stjórnað markgen. Aðalblöndunin er framleidd með því að blanda 20 µl af Master Mix hvarfefninu og 10 | il af útdregnu RNA sýninu í holu plötu26. ABI 7500 flúrperur magn rauntíma PCR tæki var notað til að magna og uppgötvun. Öll kjarnsýru mögnun, PCR keyrð skilyrði fyrir hverja prófun og túlkun niðurstaðna voru framkvæmd samkvæmt leiðbeiningum viðkomandi framleiðanda (tafla 3).
Í þessari samanburðargreiningu notuðum við ekki viðmiðunarstaðalaðferðina til að ákvarða prósentusamning (jákvætt, neikvætt og í heildina) og aðrar samanburðarbreytur fyrir greiningarnar fjórar. Hver prófun var gerð við CRS, í þessari rannsókn var CRS stillt af reglunni „hvaða jákvæðu“ og niðurstaðan var ákvörðuð, ekki með einu prófi, við notuðum að minnsta kosti tvær samsvarandi niðurstöður. Að auki, þegar um er að ræða COVID-19 smit, eru rangar neikvæðar niðurstöður hættulegri en rangar jákvæðar niðurstöður. Þess vegna, til að segja „jákvætt“ eins nákvæmlega og mögulegt er frá CRS niðurstöðu, verða að minnsta kosti tvö prófunarpróf að vera jákvæð, sem þýðir að líklegt er að að minnsta kosti ein jákvæð niðurstaða komi frá EUA próf. Þannig af fjórum niðurstöðum prófanna eru tvær eða fleiri prófunarniðurstöður sem gefa sömu niðurstöðu taldar sannar jákvæðar eða neikvæðar18,27.
Gögnum var safnað með skipulögðum gagnaútdráttareyðublöðum, færslu gagna og greiningar voru gerðar með Excel tölfræðilegum hugbúnaði og SPSS útgáfu 23.0 fyrir lýsandi tölfræði. Jákvæð, neikvæður og heildar prósent samningur var greindur og Kappa stig var notað til að ákvarða hversu samkomulag hverrar aðferðar við CRS. Kappa gildi eru túlkuð á eftirfarandi hátt: 0,01 til 0,20 fyrir vægt samkomulag, 0,21 til 0,40 fyrir almenna samkomulag, 0,41-0,60 fyrir miðlungs samkomulag, 0,61-0,80 fyrir meiriháttar samkomulag og 0,81-0,99 fyrir fullkominn samkomulag28.
Siðferðileg úthreinsun var fengin frá University of Addis Ababa og allar tilraunakenndar samskiptareglur fyrir þessa rannsókn voru samþykktar af vísindanefnd um vísindasiðfræði Eþíópíu. Tilvísunarnúmerið fyrir EPHI siðareglur er EPHI/IRB-279-2020. Öllum aðferðum var beitt í samræmi við tillögur og ákvæði um víðtækar leiðbeiningar um Eþíópíu til meðferðar á Covid-19. Að auki var skriflegt upplýst samþykki fengið frá öllum þátttakendum rannsóknarinnar fyrir þátttöku í rannsókninni.
Öll gögn fengin eða greind í þessari rannsókn eru innifalin í þessari birtu grein. Gögn sem styðja niðurstöður þessarar rannsóknar eru tiltæk frá viðkomandi höfundi að því leyti að hæfileg beiðni.
Alþjóðaheilbrigðismálastofnunin. Ráðleggingar um rannsóknarstofuprófunaraðferðir fyrir Covid-19: Bráðabirgðaleiðbeiningar, 21. mars 2020 nr. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 snjallgreining á bráðamóttöku: All-in í reynd. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 snjallgreining á bráðamóttöku: All-in í reynd.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. og Gurgulianis, KI greindur greining á Covid-19 á bráðamóttöku: Allt í reynd.Muliou DS, Pantazopoulos I. og Gurgulyanis KI greindur greining á Covid-19 í neyðardeildum: Sameining endaloka í reynd. Sérfræðingur séra svarar. lyf. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Mat á Covid19 ID nú EUA próf. Mitchell, SL & St George, K. Mat á Covid19 ID nú EUA próf.Mitchell, SL og St. George, K. Mat á Covid19 ID nú EUA próf.Mitchell SL og St. George K. Mat á Covid19 ID nú EUA próf. J. Klínískt. Veira. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Rannsóknarstofu uppgötvun kransæðasjúkdóms 2019 (Covid-19) hjá grunuðum sjúkdómum manna. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (opnað 15. ágúst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. o.fl. COVID-19 Greining: Sjúkdómar og prófunartæki. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. o.fl. Stofnun háskólans í meinafræðingum í Austur-, Mið- og Suður -Afríku - Regional School of Pathology í Miðausturlöndum og Suður -Afríku. Afríku. J. Lab. lyf. 9 (1), 1-8 (2020).
Ethiopian Institute of Public Health, Federal Health Ministry. Bráðabirgðaáætlun og leiðbeiningar um greiningu á rannsóknarstofu á Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (opnað 12. ágúst 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sem rangar neikvæðar prófanir á SARS-Cov-2 smitsáskorunum og afleiðingum. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, sem rangar neikvæðar prófanir á SARS-Cov-2 smitsáskorunum og afleiðingum.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim sem rangar neikvæðar prófanir á SARS-CoV-2 sýkingum og afleiðingum þeirra.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim sem rangar neikvæðar prófanir á ögrun og áhrif SARS-CoV-2 sýkingar. N. Eng. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki rangar jákvæðar og rangar neikvæðar Covid-19 tilvik: öndunarvarnar- og stjórnunaráætlanir, bólusetning og frekari sjónarmið. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki rangar jákvæðar og rangar neikvæðar Covid-19 tilvik: öndunarvarnar- og stjórnunaráætlanir, bólusetning og frekari sjónarmið. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложноположитskra ложноотрiður вацинация и далнейшие персекивы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Falsy Positive og False Neikvæð tilfelli af Covid-19: öndunarvarnar- og meðferðaráætlunum, bólusetningu og leiðinni fram á við.Muliu, DS og Gurgulianis, Ki rangar jákvæðar og rangar neikvæðar tilfelli Covid-19: Aðferðir til að koma í veg fyrir öndunarfær og meðferð, bólusetningu og leiðina fram á við. Sérfræðingur séra svarar. lyf. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 Greining á bráðamóttöku: að sjá tréð en missa skóginn. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 Greining á bráðamóttöku: að sjá tréð en missa skóginn.Mouliou, DS, Ioannis, P. og Konstantinos, G. COVID-19 Greining á bráðamóttöku: Sjá tréð, missa skóginn.Muliou DS, Ioannis P., og Konstantinos G. COVID-19 Greining á slysadeildum: Ekki nægur skógur fyrir trén. Virðast. lyf. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. o.fl. Staðfesting og staðfesting á greiningar- og klínískri frammistöðu Abbott Realtime SARS-CoV-2 prófsins. J. Klínískt. Veira. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm grunnsettum frá mismunandi genamengissvæði Covid-19 til að greina vírussýkingu með hefðbundinni RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm grunnsettum frá mismunandi genamengissvæðum Covid-19 til að greina vírusýkingu með hefðbundnum RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. og Aflatunyan, B. Samanburður á fimm settum af grunni frá mismunandi svæðum í Covid-19 genamenginu til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á 5 mismunandi erfðasvæðum Covid-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. og Aflatunyan B. Samanburður á fimm settum grunnar frá mismunandi svæðum í Covid-19 genamenginu til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR.Íran. J. Örverufræði. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. o.fl. Bráðabirgðaniðurstöður National External Quality Assessment Program til að greina SARS-CoV-2 erfðamengi. J. Klínískt. Veira. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. o.fl. Greiningarmat á virkni fimm RT-PCR pökkum fyrir alvarlega brátt öndunarheilkenni kransæðaveiru 2. J. Clinical. Rannsóknarstofa. endaþarmsop. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. o.fl. Mat á sjö SARS-COV-2 RNA uppgötvunarsettum í Kína út frá rauntíma fjölliðu keðjuverkun (PCR). klínískt. Efni. Rannsóknarstofa. lyf. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB o.fl. Samanburður á sjö viðskiptalegum RT-PCR Covid-19 greiningarsettum. J. Klínískt. Veira. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, o.fl. Samanburður á greiningarafköstum tveggja PCR pökkum til að greina SARS-CoV-2 kjarnsýrur. J. Klínískt. Rannsóknarstofa. endaþarmsop. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR osfrv. Samanburðarrannsókn á fjórum SARS-CoV-2 kjarnsýru magnunarprófi (NAAT) pallur sýndi að ID nú var árangur verulega niðurbrotinn eftir gerð sjúklinga og sýnishorns. Greining. Örverufræði. Smita. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott Molecule. Abbott Rauntíma SARS-CoV-2 greiningarpakkning. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Frá og með 10. ágúst 2020) (2020).
Klein, S. o.fl. SARS-CoV-2 RNA einangrun með segulperlum til að greina hratt í stórum stíl með RT-qPCR og RT-LAMP. Veira 12 (8), 863 (2020).
Post Time: Des-08-2022
Persónuverndarstillingar