Framkvæmd fjögurra kjarnsýrumagnunarprófa til að greina SARS-CoV-2 í Eþíópíu

Þakka þér fyrir að heimsækja Nature.com. Þú ert að nota vafraútgáfu með takmörkuðum CSS-stuðningi. Til að fá sem bestu upplifun mælum við með að þú notir uppfærðan vafra (eða slökkvir á samhæfingarstillingu í Internet Explorer). Til að tryggja áframhaldandi stuðning sýnum við síðuna án stíla og JavaScript.
Sýnir hringekju með þremur glærum í einu. Notaðu hnappana Fyrri og Næsta til að fletta í gegnum þrjár glærur í einu, eða notaðu rennihnappana í lokin til að fletta í gegnum þrjár glærur í einu.
Frá því að kórónaveirusjúkdómurinn (COVID-19) braust út árið 2019 hafa mörg viðskiptaleg kjarnsýrumagnunarpróf (NAAT) verið þróuð um allan heim og orðin staðlaðar prófanir. Þó að nokkrar prófanir hafi verið þróaðar hratt og notaðar í greiningarprófum á rannsóknarstofum, hefur frammistaða þessara prófa ekki verið metin í ýmsum aðstæðum. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta frammistöðu Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI og Sansure Biotech prófana með því að nota Composite Reference Standard (CRS). Rannsóknin var framkvæmd á Ethiopian Public Health Institute (EPHI) frá 1. til 30. desember 2020. 164 nefkokssýni voru tekin með QIAamp RNA mini kit og Abbott DNA sýnaundirbúningskerfinu. Af 164 sýnum voru 59,1% jákvæð og 40,9% neikvæð fyrir CRS. Jákvæðni í Sansure Biotech rannsókninni var marktækt lág samanborið við CRS rannsóknina (p < 0,05). Jákvæðni í Sansure Biotech rannsókninni var marktækt lág samanborið við CRS rannsóknina (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech er ekki hægt að nota með CRS (p < 0,05). Jákvæðar niðurstöður Sansure Biotech voru marktækt lægri samanborið við CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech hafði marktækt færri jákvæðar niðurstöður samanborið við CRS (p < 0,05).Heildarsamræmið milli fjögurra greininganna var 96,3–100% samanborið við CRS. Auk lágs jákvæðnihlutfalls Sansure Biotech prófsins var frammistaða fjögurra prófananna nánast sambærileg. Því þarfnast Sansure Biotech [Research Only (RUO)] prófið frekari staðfestingar fyrir notkun þess í Eþíópíu. Að lokum ætti að íhuga frekari rannsóknir til að meta prófanir með viðeigandi fullyrðingum framleiðanda.
Rannsóknarstofuprófanir eru hluti af stefnumótunaráætlun Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar (WHO) um viðbúnað og viðbrögð við kórónaveirusjúkdómnum (COVID-19) árið 2019. WHO ráðleggur lönd að byggja upp rannsóknarstofugetu til að bæta viðbúnað, viðeigandi meðferð mála, árvekni og skjót viðbrögð við áskorunum í lýðheilsu. Þetta bendir til þess að hlutverk rannsóknarstofunnar sé lykilatriði við að greina sjúkdóminn og faraldsfræði nýrra smitsjúkdóma og stjórna útbreiðslu þeirra.
Greining COVID-19 krefst faraldsfræðilegra og læknisfræðilegra upplýsinga, persónulegra einkenna/einkenna og röntgenmynda og rannsóknarstofugagna2. Síðan COVID-19 faraldurinn var tilkynntur í Wuhan í Kína hafa margar viðskiptalegar kjarnsýrumagnunarprófanir (NAAT) verið þróaðar um allan heim. Rauntíma öfug umritunarpólýmerasakeðjuverkun (rRT-PCR) hefur verið notuð sem venjubundin og staðlað aðferð til greiningar á rannsóknarstofusýkingu af völdum alvarlegs bráða öndunarfæraheilkennis 2 (SARS-CoV-2)3. Sameindagreining á SARS-CoV-2 byggist venjulega á N (núkleókapsíðpróteingen), E (umslagspróteingen) og RdRp (RNA-háð RNA pólýmerasagen) genum í ORF1a/b (opinn lestrarrammi 1a/b) geninu) svæðinu sem greint er úr veiruerfðamengi. Þau eru talin vera helstu varðveittu svæðin sem finnast í veiruerfðamengjum fyrir veirugreiningu4. Meðal þessara gena hafa RdRp og E genin mikla greiningarnæmi, en N genið hefur litla greiningarnæmi5.
Árangur PCR prófana getur verið breytilegur eftir ýmsum þáttum eins og: útdráttarefnum, mögnunar-/greiningarefnum, útdráttaraðferð, gæðum PCR tækisins og öðrum tækjum. Í apríl 2020 höfðu meira en 48 mismunandi greiningartæki frá níu löndum fengið neyðarleyfi (EUA) fyrir greiningu COVID-196. Í Eþíópíu eru meira en 14 rauntíma PCR kerfi notuð til PCR greiningar á SARS-CoV-2 á 26 heilbrigðisstofnunum, þar á meðal ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 og Quant-studio7. Að auki eru ýmis PCR prófunarsett fáanleg, svo sem Daan Gene próf, Abbott SARS-CoV-2 próf, Sansure Biotech próf og SARS-CoV-2 BGI próf. Þó að rRT-PCR sé mjög næmt, tilkynna sumir sjúklingar með COVID-19 falskar neikvæðar niðurstöður vegna ófullnægjandi eintaka af veiru ríbósakjarnsýru (RNA) í sýnum vegna óviðeigandi söfnunar, flutnings, geymslu og meðhöndlunar, og rannsóknarstofuprófana. aðstæður og aðgerðir starfsfólks8. Þar að auki getur rang meðhöndlun sýna eða samanburðarhópa, stilling á þröskuldi (Ct) og krossvirkni við aðrar sjúkdómsvaldandi kjarnsýrur eða óvirkt/leifar af SARS-CoV-2 RNA leitt til falskra jákvæðra niðurstaðna í rRT-PCR9 prófunum. Því er ljóst að PCR próf geta í raun borið kennsl á burðarefni genabrota, þar sem þau geta ekki einu sinni greint á milli raunverulega virkra veirugena, þannig að prófin geta aðeins borið kennsl á burðarefni en ekki sjúklinga10. Þess vegna er mikilvægt að meta greiningargetu með stöðluðum aðferðum í okkar umhverfi. Þó að mörg NAAT hvarfefni séu fáanleg hjá Lýðheilsustofnun Eþíópíu (EPHI) og um allt land, hefur engin samanburðarmat á virkni þeirra enn verið birt. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta samanburðargetu fáanlegra búnaða til að greina SARS-CoV-2 með rRT-PCR með því að nota klínísk sýni.
Alls tóku 164 þátttakendur með grun um COVID-19 þátt í þessari rannsókn. Meirihluti sýnanna var frá meðferðarstofnunum (118/164 = 72%), en hinir 46 (28%) þátttakendurnir voru frá öðrum stofnunum. Meðal þátttakenda sem ekki fengu meðferð á stofnuninni voru 15 (9,1%) með klínískt grunað tilfelli og 31 (18,9%) höfðu komist í snertingu við staðfest tilfelli. Níutíu og þrír (56,7%) þátttakendur voru karlar og meðalaldur (± staðalfrávik) þátttakenda var 31,10 (± 11,82) ár.
Í þessari rannsókn voru jákvæð og neikvæð tíðni fjögurra prófa fyrir COVID-19 ákvörðuð. Þannig voru jákvæð tíðni Abbott SARS-CoV-2 prófsins, Daan Gene 2019-nCoV prófsins, SARS-CoV-2 BGI prófsins og Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins 59,1%, 58,5%, 57,9% og 55,5%, talið í sömu röð. Jákvæð og neikvæð samsett viðmiðunarstaðal (CRS) stig voru 97 (59,1%) og 67 (40,9%), talið í sömu röð (Tafla 1). Í þessari rannsókn var skilgreiningin á CRS byggð á reglunni um „öll jákvæð“, þar sem af fjórum prófniðurstöðum voru tvær eða fleiri prófniðurstöður sem gáfu sömu niðurstöðu taldar sannarlega jákvæðar eða neikvæðar.
Í þessari rannsókn fundum við neikvætt prósentusamræmi (NPA) upp á 100% (95% öryggisbil 94,6–100) fyrir allar greiningar samanborið við CRS. Greining Sansure Biotechnology sýndi lágmarks PPA upp á 93,8% (95% öryggisbil 87,2-97,1) og Daan Gene 2019-nCoV greiningin hafði heildarsamræmi upp á 99,4% (95% öryggisbil 96,6-99,9). Hins vegar var heildarsamræmið milli SARS-CoV-2 BGI prófsins og Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins 98,8% og 96,3%, talið í sömu röð (Tafla 2).
Samræmisstuðull Cohens fyrir CRS og niðurstöður Abbott SARS-CoV-2 prófsins var fullkomlega samræmdur (K = 1,00). Á sama hátt eru Cohens kappa gildi sem greind voru með Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI og Sansure Biotech 2019-nCoV einnig fullkomlega samræmd við CRS (K ≥ 0,925). Í þessari samanburðargreiningu sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar prófið) að niðurstöður Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins voru marktækt frábrugðnar niðurstöðum CRS (p = 0,031) (Tafla 2).
Eins og sýnt er á mynd.1. Hlutfall lægsta Ct-gildis (< 20 Ct) í Abbott SARS-CoV-2 prófinu (sameint RdRp og N gen) var 87,6% og Ct-gildi ORF1a/b gensins í Sansure Biotech 2019-nCoV prófinu sýndi að hlutfall lágs Ct-gildis (< 20 Ct) var 50,3% og hás Ct-gildis (36–40 Ct) var 3,2%. 1. Hlutfall lægsta Ct-gildis (< 20 Ct) í Abbott SARS-CoV-2 prófinu (sameint RdRp og N gen) var 87,6% og Ct-gildi ORF1a/b gensins í Sansure Biotech 2019-nCoV prófinu sýndi að hlutfall lágs Ct-gildis (< 20 Ct) var 50,3% og hás Ct-gildis (36–40 Ct) var 3,2%.Eins og sýnt er á mynd.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6 Ct Ot. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) kostnaður 50,3%, á высокое значения (36 Ct)–4 Ctначения kostnaður 3,2%. 1, hlutfall lægsta Ct-gildis (< 20 Ct) greiningar á Abbott SARS-CoV-2 (sameinað gen RdRp og N) var 87,6%, og Ct-gildi ORF1a/b gengreining á Sansure Biotech 2019-nCoV sýndi að hlutfall lágs Ct-gildis (< 20 Ct) nam 50,3% og hátt Ct-gildi (36–40 Ct) nam 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct 值(36)的百分比为3,2%. Eins og sést á mynd 1 er lægsta prósentuhlutfall Ct gildis (< 20 Ct) í Abbott SARS-CoV-2 prófinu (samsetning RdRp og N gensins) 87,6%, Ct gildi ORF1a/b gensins í Sansure Biotech 2019-nCoV prófinu sýnir lágt Ct hlutfall (< 20 Ct) er 50,3%, og hlutfallið fyrir 高Ct hlutfall (36–40 Ct) er 3,2%. Hvernig á að nota á рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентное (2 Ctчентное) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Eins og sést á mynd 1 hafði Abbott SARS-CoV-2 prófið (sem sameinar RdRp og N genin) lægsta prósentu Ct gildið (< 20 Ct) eða 87,6%, en Ct gildi ORF1a/b gensins í rannsókn Sansure Biotech frá 2019 – Greining á nCoV sýndi lágt Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Hlutfall gilda (< 20 Ct) var 50,3% og hlutfall hárra Ct-gilda (36–40 Ct) var 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B prófið mældi Ct gildi yfir 30. Hins vegar hafði ORF1a/b genið hátt Ct gildi (> 36 Ct) í BGI SARS-CoV-2 prófinu og hlutfallið var 4% (Mynd 1). Hins vegar hafði ORF1a/b genið hátt Ct gildi (> 36 Ct) í BGI SARS-CoV-2 prófinu og hlutfallið var 4% (Mynd 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого состалиса (1%). Hins vegar, í greiningu á BGI SARS-CoV-2 geninu hafði ORF1a/b hátt Ct gildi (> 36 Ct), en hlutfallið var 4% (Mynd 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为。 Hins vegar, í BGI SARS-CoV-2 greiningu, er hlutfall ORF1a/b gena með hátt Ct gildi (>36 Ct) 4% (Mynd 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b með высокими значениями Ct (>36 Ct) hæð 41% (rís.). Hins vegar, í BGI SARS-CoV-2 greiningunni, var hlutfall ORF1a/b gena með há Ct gildi (>36 Ct) 4% (Mynd 1).
Í þessari rannsókn tókum við 164 nefkokssýni. Fyrir allar gerðir prófana var RNA einangrun og mögnun framkvæmd með aðferðum og pökkum sem viðkomandi framleiðendur mæla með.
Þessi rannsókn sýndi fram á að Abbott-prófið fyrir SARS-CoV-2 hefur sömu greiningargetu og CRS, með 100% jákvæðu, neikvæðu og almennu samræmi. Samræmi Cohens kappa er 1,00, sem gefur til kynna fullt samræmi við CRS. Svipuð rannsókn við Háskólann í Washington í Bandaríkjunum leiddi í ljós að heildarnæmi og sértækni Abbott-prófsins fyrir SARS-CoV-2 var 93% og 100%, talið í sömu röð, samanborið við rannsóknarstofuákvarðaða greiningu (LDA) CDC. 11. Abbott SARS-CoV-2 greiningarkerfið byggir á samtímis greiningu N- og RdRp-genanna, þar sem bæði genin eru næmari, sem lágmarkar falskar neikvæðar niðurstöður12. Rannsókn í Vín í Austurríki sýndi einnig að stórt magn útdráttarsýna og magn greiningarvökva lágmarkaði þynningaráhrif og jók skilvirkni greiningarinnar13. Þannig er hægt að tengja fullkomna samsvörun Abbotts fyrir SARS-CoV-2 prófið við kerfi fyrir greiningu á grunni sem greinir samtímis samsett gen, dregur út fjölda sýna (0,5 ml) og notar mikið magn af skolvökva (40 µl).
Niðurstöður okkar sýndu einnig að greiningargeta Daan erfðaprófsins var næstum sú sama og fyrir CRS. Þetta er í samræmi við rannsókn14 sem gerð var við Anhui-háskólann í Huainan í Kína og fullyrðingu framleiðandans um 100% jákvætt samræmi. Þrátt fyrir skýrslur um samræmdar niðurstöður var eitt sýni falskt neikvætt eftir endurtekna prófun á sama útskilnaðarvökva, en var jákvætt í Abbott SARS-CoV-2 og Sansure Biotech nCoV-2019 prófunum. Þetta bendir til þess að niðurstöður geti verið breytilegar eftir mismunandi gerðum prófana. Engu að síður, í rannsókninni sem framkvæmd var í Kína15, var niðurstaða Daan Gene prófsins marktækt frábrugðin (p < 0,05) samanborið við viðmiðunarprófið sem skilgreint var í rannsóknarstofu. Engu að síður, í rannsókninni sem framkvæmd var í Kína15, var niðurstaða Daan Gene prófsins marktækt frábrugðin (p < 0,05) samanborið við viðmiðunarprófið sem skilgreint var í rannsóknarstofu. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Hins vegar, í rannsókn í Kína15, var niðurstaða greiningar Daan Gene marktækt frábrugðin (p < 0,05) viðmiðunargreiningu þeirra í rannsóknarstofu.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в Китае15 (p < 0,юсра) его эталонным лабораторным тестом. Hins vegar, í rannsókn í Kína15, voru niðurstöður erfðaprófs Daan marktækt frábrugðnar (p < 0,05) samanborið við viðmiðunarrannsóknarstofupróf þess.Þessi misræmi gæti stafað af næmi viðmiðunarprófsins til að greina SARS-CoV-2 og frekari rannsóknir gætu verið mikilvægar til að ákvarða orsökina.
Að auki mat rannsókn okkar samanburð á frammistöðu SARS-CoV-2 BGI prófsins við CRS og sýndi framúrskarandi jákvætt prósentusamræmi (PPA = 97,9%), neikvætt prósentusamræmi (NPA = 100%) og heildarprósentusamræmi eftir kyni (OPA). = 98,8%). Cohen's Kappa gildi sýndu gott samræmi (K = 0,975). Rannsóknir í Hollandi16 og Kína15 hafa sýnt samræmdar niðurstöður. SARS-CoV-2 BGI prófið er greiningarpróf fyrir eitt gen (ORF1a/b) sem notar 10 µl af mögnunar-/greiningarvökva. Þrátt fyrir gott tölfræðilegt samræmi við viðmiðunarniðurstöður okkar, missti greiningin af tveimur jákvæðum sýnum (1,22%) af heildarsýninu. Þetta getur haft gríðarleg klínísk áhrif á smitdýnamík bæði á sjúklinga- og samfélagsstigi.
Önnur samanburðargreining sem þessi rannsókn innihélt var Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) prófið; heildarhlutfall samsvörunar var 96,3%. Styrkur samræmisins var einnig ákvarðaður með Cohen's Kappa gildi, sem var 0,925, sem bendir til fullrar samræmis við CRS. Niðurstöður okkar eru aftur eins og rannsóknir sem gerðar voru við Central South háskólann í Changsha í Kína og á klínískri rannsóknarstofu Liuzhou alþýðuspítalans í Liuzhou borg í Kína17. Jafnvel þótt ofangreint gott tölfræðilegt samræmi hafi verið skráð, sýndi kí-kvaðrat prófið (MacNemar próf) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hafði tölfræðilega marktækan mun samanborið við CRS (p < 0,005). Jafnvel þótt ofangreint gott tölfræðilegt samræmi hafi verið skráð, sýndi kí-kvaðrat prófið (MacNemar próf) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hafði tölfræðilega marktækan mun samanborið við CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, криратерикхий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие сравнению с CRS (pd. 5 <). Þó að góð tölfræðileg samræmi hafi verið skráð hér að ofan, sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar prófið) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hafði tölfræðilega marktækan mun samanborið við CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。〉。〼〉 Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) steady значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech og CRS. Þrátt fyrir góða tölfræðilega samræmi sem fram kemur hér að ofan, sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar próf) tölfræðilega marktækan mun (p < 0,005) á milli Sansure Biotech prófsins og CRS prófsins.Sex sýni (3,66%) reyndust falskt neikvæð samanborið við CRS (viðbótartafla 1); þetta er mjög mikilvægt, sérstaklega miðað við dreifingarhraða veirunnar. Ofangreind gögn styðja einnig þessa lágu greiningartíðni15.
Í þessari rannsókn voru Ct-gildi ákvörðuð fyrir hvert próf og viðkomandi kerfi, þar sem lægsta meðaltal Ct-gildisins var skráð í Abbott SARS-CoV-2 prófinu. Þessi niðurstaða gæti tengst samtímis sameinuðu erfðaprófunarkerfi Abbott til að greina SARS-CoV-2. Því, samkvæmt mynd 1, höfðu 87,6% af Abbott SARS-CoV-2 niðurstöðum Ct-gildi undir 20. Aðeins fáein sýnaniðurstöður (12,4%) voru á bilinu 20-30. Ct-gildi yfir 30 voru ekki skráð. Auk þess að Abbott notar SARS-CoV-2 spjalds erfðaprófunarsniðið gæti þessi niðurstaða tengst neðri greiningarmörkum (32,5 RNA eintök/ml)18, sem er þrisvar sinnum lægra en neðri mörk fyrirtækisins sem eru 100 RNA eintök/ml)19.
Þessi rannsókn hefur nokkrar takmarkanir: í fyrsta lagi höfum við ekki staðlaðar/viðmiðunaraðferðir [eins og veirumagn eða aðrar rannsóknarstofuprófanir (LDA)] vegna skorts á fjármagni. Í öðru lagi voru öll sýnin sem notuð voru í þessari rannsókn nefkokssýni, en niðurstöðurnar áttu ekki við um aðrar gerðir sýna, og í þriðja lagi var úrtaksstærð okkar lítil.
Í þessari rannsókn var borið saman árangur fjögurra rRT-PCR prófana fyrir SARS-CoV-2 með því að nota nefkokssýni. Allar greiningarprófanir höfðu nánast sambærilega frammistöðu, fyrir utan Sansure Biotech prófið. Að auki greindist lágt jákvæðnihlutfall í Sansure Biotech prófinu samanborið við CRS (p < 0,05). Að auki greindist lágt jákvæðnihlutfall í Sansure Biotech prófinu samanborið við CRS (p < 0,05). Hafðu samband við Sansure Biotech og hefur ekki fengið nýja aðferð við notkun á CRS (p < 0,05). Að auki sýndi Sansure Biotech prófið lágt hlutfall jákvæðra niðurstaðna samanborið við CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Að auki hafði Sansure Biotech prófið lægri jákvæðni samanborið við CRS (p < 0,05).Greining Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) á PPA, NPA og heildarsamræmi fór yfir 93,5% með Cohen Kappa styrkleikasamræmisgildi upp á 0,925. Að lokum þarf frekari staðfestingu á Sansure Biotech Assay (RUO) til notkunar í Eþíópíu og frekari rannsókna ætti að íhuga til að meta fullyrðingar frá einstökum framleiðendum.
Samanburðarrannsókn var gerð á fjórum heilbrigðisstofnunum í Addis Ababa, Eka Kotebe-sjúkrahúsinu, Millennium-kirkjumeðferðarmiðstöðinni, Zewooditu-minningarsjúkrahúsinu og St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. Gögnunum var safnað á tímabilinu 1. til 31. desember 2020. Heilbrigðisstofnanirnar fyrir þessa rannsókn voru valdar vandlega út frá fjölda tilfella og framboði á helstu meðferðarstöðvum í borginni. Á sama hátt voru tæki, þar á meðal ABI 7500 og Abbott m2000 rauntíma PCR tæki, valin samkvæmt ráðleggingum framleiðenda NAAT-hvarfefnanna og fjögur PCR greiningartæki voru valin fyrir þessa rannsókn, þar sem flestar rannsóknarstofur í Eþíópíu notuðu að minnsta kosti fjögur þeirra. Genpróf, Abbott SARS-CoV-2 próf, Sansure Biotech próf og SARS-CoV-2 BGI próf (framkvæmt meðan á rannsókninni stóð).
Prófanir fyrir SARS-CoV-2 voru framkvæmdar frá 1. til 30. desember 2020 með því að nota 3 ml af veiruflutningsmiðli (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kína) frá einstaklingum sem voru í rannsókn vegna COVID-19 og vísað var til EPHI. Nefkokssýni voru tekin af þjálfuðum sýnatökumönnum og send til EPHI í þreföldum pakkningum. Áður en kjarnsýrur eru einangrað er hverju sýni úthlutað einstöku auðkennisnúmeri. Útdráttur er framkvæmdur úr hverju sýni strax við komu með handvirkum og sjálfvirkum útdráttaraðferðum. Því voru 1,3 ml (þar á meðal 0,8 ml dauður rúmmál og 0,5 ml útdráttarinntaksrúmmál) af sýninu dregnir út úr hverju sýni og settir í gegnum Abbott DNA sýnisundirbúningskerfið (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Bandaríkin). ) Lotuframleiðsla með 96 sýnum [92 sýnum, tveimur greiningarviðmiðum og tveimur samanburðarsýnum án sniðmáts (NTC)] var tekin með í heildarferlið (sókn og greining) tveggja umferða af SARS-CoV-2 (EUA) í rauntíma. Á sama hátt, fyrir handvirka útdrátt, skal nota sömu sýnin (fyrir sjálfvirka útdrátt og uppgötvun). Þannig voru 140 µl sýni skipt út og dregin út með QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Þýskalandi) í 24 lotum (þar á meðal 20 sýni, tvö greiningarviðmið og tvö NTC) í níu umferðum. Handvirkt útdregin útskilnaðarvökvi var magnaður upp og greindur með ABI 7500 hitahringrásartæki sem notaði SARS-CoV-2 BGI próf, Daan Gene próf og Sansure Biotech próf.
Sjálfvirk einangrun og hreinsun á SARS-CoV-2 veiru-RNA fylgir segulperlureglunni með því að nota hvarfefni frá Abbott DNA sýnishornsundirbúningi. Óvirkjun sýna og uppleysing veiruagna er framkvæmd með því að nota þvottaefni sem inniheldur gúanidínísóþíósýanat til að denatúra próteinið og óvirkja RNasa. RNA er síðan aðskilið frá próteininu með föstum fasaaðskilnaði með því að nota kísil, þ.e. gúanidínsaltið og basískt pH lýsisbuffer stuðla að bindingu kjarnsýranna við kísilinn (SiO2). Skolunarskrefið fjarlægir eftirstandandi prótein og leifar til að framleiða tæra lausn. Gagnsætt RNA er einangrað úr kísil-örögnum með því að nota segulsvið tækisins20,21. Hins vegar er handvirk einangrun og hreinsun RNA framkvæmd með snúningsdálkaaðferð með því að nota skilvindu í stað segulstands og aðskilnað öragna frá útskilnaðarvökvanum.
Abbott rauntíma SARS-CoV-2 greiningarprófið (Abbott Molecular, Inc.) var framkvæmt samkvæmt leiðbeiningum framleiðanda, sem fengu EUA19,22 frá Alþjóðaheilbrigðismálastofnuninni (WHO) og Matvæla- og lyfjaeftirlitinu (FDA). Í þessari aðferð var sýnið óvirkjað fyrir útdrátt í vatnsbaði við 56°C í 30 mínútur. Eftir óvirkjun veirunnar var kjarnsýruútdráttur framkvæmdur á Abbott m2000 SP tæki úr 0,5 ml af VTM með því að nota Abbott m2000 DNA sýnishornsundirbúningskerfi, samkvæmt framleiðanda. Magnun og greining voru framkvæmd með Abbott m2000 RT-PCR tæki og tvöföld greining var framkvæmd fyrir RdRp og N genin. ROX) og VIC P (einkaleyfisverndað litarefni) til að miða og greina innri samanburði, sem gerir kleift að greina bæði mögnunarafurðirnar samtímis 19.
Aðferðin til að greina mögnun í þessu setti byggist á eins-þreps RT-PCR tækni. ORF1a/b og N genin voru valin sem varðveitt svæði af Daan Gene Technology til að greina mögnun marksvæðis. Sérstakir praimerar og flúrljómandi rannsakar (N genrannsakar merktir með FAM, ORF1a/b rannsakar merktir með VIC) hafa verið hannaðir til að greina SARS-CoV-2 RNA í sýnum. Lokaútskiljunarvökvinn og aðalblöndurnar voru útbúnar með því að bæta 5 µl af útskiljunarvökva við 20 µl af aðalblöndunni þar til lokarúmmálið var 25 µl. Mögnun og greining voru framkvæmd samtímis á ABI 750024 rauntíma PCR tæki.
ORF1a/b og N genin voru greind með Sansure Biotech nCoV-2019 kjarnsýrugreiningarsettinu (flúrljómandi PCR greining). Útbúið sértækar mælingar fyrir hvert markgen með því að velja FAM rásina fyrir ORF1a/b svæðið og ROX rásina fyrir N genið. Í þetta greiningarsett er elúent og master mix hvarfefni bætt við á eftirfarandi hátt: útbúið 30 µl af master mix hvarfefni og 20 µl af elúeruðu sýni til greiningar/magnunar. Rauntíma PCR ABI 750025 var notað til mögnunar/greiningar.
SARS-CoV-2 BGI prófið er flúrljómandi rauntíma rRT-PCR búnaður til greiningar á COVID-19. Marksvæðið er staðsett í ORF1a/b svæðinu í SARS-CoV-2 erfðamenginu, sem er aðferð til að greina eitt gen. Að auki er β-aktín, sem er gen fyrir stjórnun manna, innvortis stjórnað markgen. Aðalblandan er útbúin með því að blanda 20 µl af hvarfefni aðalblöndunnar og 10 µl af útdregnu RNA sýni í brunnsplötu26. ABI 7500 flúrljómandi magnbundið rauntíma PCR tæki var notað til mögnunar og greiningar. Öll mögnun kjarnsýru, PCR keyrsluskilyrði fyrir hvert próf og túlkun niðurstaðna voru framkvæmd samkvæmt leiðbeiningum viðkomandi framleiðanda (Tafla 3).
Í þessari samanburðargreiningu notuðum við ekki viðmiðunarstaðlaða aðferðina til að ákvarða prósentu samræmis (jákvætt, neikvætt og heildar) og aðrar samanburðarbreytur fyrir allar fjórar greiningarnar. Hver prófsamanburður var gerður með CRS, í þessari rannsókn var CRS stillt með reglunni „öll jákvæð“ og niðurstaðan var ákvörðuð, ekki með einu prófi, heldur notuðum við að minnsta kosti tvær samsvarandi prófniðurstöður. Að auki, í tilviki COVID-19 smits, eru falskt neikvæðar niðurstöður hættulegri en falskt jákvæðar niðurstöður. Þess vegna, til að geta sagt „jákvætt“ eins nákvæmlega og mögulegt er út frá CRS niðurstöðu, verða að minnsta kosti tvö próf að vera jákvæð, sem þýðir að að minnsta kosti ein jákvæð niðurstaða er líkleg til að koma frá EUA prófi. Þannig, af fjórum prófniðurstöðum, eru tvær eða fleiri prófniðurstöður sem gefa sömu niðurstöðu taldar sanna jákvæðar eða neikvæðar18,27.
Gögnum var safnað með skipulögðum gagnaútdráttarformum, gagnasláttur og greining fór fram með tölfræðihugbúnaðinum Excel og SPSS útgáfu 23.0 fyrir lýsandi tölfræði. Jákvætt, neikvætt og heildarprósentusamræmi var greint og Kappa-gildi var notað til að ákvarða samræmisgráðu hverrar aðferðar við CRS. Kappa-gildi eru túlkuð á eftirfarandi hátt: 0,01 til 0,20 fyrir væga samræmi, 0,21 til 0,40 fyrir almenna samræmi, 0,41-0,60 fyrir miðlungs samræmi, 0,61-0,80 fyrir mikla samræmi og 0,81-0,99 fyrir algera samræmi.
Siðferðilegt leyfi var fengið frá Háskólanum í Addis Ababa og allar tilraunaaðferðir fyrir þessa rannsókn voru samþykktar af vísindasiðanefnd Lýðheilsustofnunar Eþíópíu. Tilvísunarnúmer siðaleyfis EPHI er EPHI/IRB-279-2020. Allar aðferðir voru notaðar í samræmi við ráðleggingar og ákvæði í alhliða leiðbeiningum Eþíópíu um meðferð COVID-19. Að auki var skriflegt upplýst samþykki fengið frá öllum þátttakendum í rannsókninni áður en þeir tóku þátt í rannsókninni.
Öll gögn sem aflað var eða greind voru í þessari rannsókn eru innifalin í þessari birtu grein. Gögn sem styðja niðurstöður þessarar rannsóknar eru fáanleg frá viðkomandi höfundi ef óskað er eftir þeim á sanngjarnan hátt.
Alþjóðaheilbrigðismálastofnunin. Tillögur um rannsóknarstofuprófunaraðferðir vegna COVID-19: Bráðabirgðaleiðbeiningar, 21. mars 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Snjallgreining á COVID-19 á bráðamóttöku: Alhliða í reynd. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Snjallgreining á COVID-19 á bráðamóttöku: Alhliða í reynd.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. og Gurgulianis, KI Greind greining á COVID-19 á bráðamóttöku: allt í reynd.Muliou DS, Pantazopoulos I. og Gurgulyanis KI. Greind greining á COVID-19 á bráðamóttökum: heildstæð samþætting í reynd. Sérfræðingurinn Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL og St George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu. Mitchell, SL og St George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu.Mitchell, SL og St. George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu.Mitchell SL og St. George K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
Alþjóðaheilbrigðismálastofnunin (WHO). Rannsóknarstofugreining á kórónaveirusjúkdómi 2019 (COVID-19) hjá grunuðum mönnum. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (sótt 15. ágúst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. o.fl. Greining COVID-19: Sjúkdómar og prófunartæki. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. o.fl. Stofnun Meinafræðingafélags Austur-, Mið- og Suður-Afríku – Svæðisskóli Meinafræðideildar Mið-Austurlanda og Suður-Afríku. Afríka. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Lýðheilsustofnun Eþíópíu, alríkisheilbrigðisráðuneytið. Bráðabirgðaáætlun og leiðbeiningar um rannsóknarstofugreiningu á COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (sótt 12. ágúst 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falskt neikvætt próf fyrir áskoranir og afleiðingar sýkingar af völdum SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falskt neikvætt próf fyrir áskoranir og afleiðingar sýkingar af völdum SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS. Falskt neikvætt próf fyrir SARS-CoV-2 sýkingar og afleiðingar þeirra.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS. Falskt neikvætt próf fyrir ögrun og áhrif SARS-CoV-2 sýkingar. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt jákvæð og falskt neikvæð COVID-19 tilfelli: Aðferðir til að koma í veg fyrir og meðhöndla öndunarfæri, bólusetningar og frekari sjónarmið. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt jákvæð og falskt neikvæð COVID-19 tilfelli: Aðferðir til að koma í veg fyrir og meðhöndla öndunarfæri, bólusetningar og frekari sjónarmið. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskt jákvæð og falskt neikvæð tilfelli af COVID-19: forvarnir gegn öndunarfærum og meðferðaraðferðir, bólusetning og leiðin fram á við.Muliu, DS og Gurgulianis, KI Falskt jákvæð og falskt neikvæð tilfelli af COVID-19: aðferðir til að koma í veg fyrir og meðhöndla öndunarfærasýkingar, bólusetningar og leiðin fram á við. Sérfræðingurinn Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Greining á COVID-19 á bráðamóttöku: Að sjá tréð en missa skóginn. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Greining á COVID-19 á bráðamóttöku: Að sjá tréð en missa skóginn.Mouliou, DS, Ioannis, P. og Konstantinos, G. Greining COVID-19 á bráðamóttöku: Sjáðu tréð, misstu skóginn.Muliou DS, Ioannis P., og Konstantinos G. Greining COVID-19 á bráðamóttökum: Ekki nóg skóglendi fyrir trjánum. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. o.fl. Staðfesting og staðfesting á greiningar- og klínískri frammistöðu Abbott RealTime SARS-CoV-2 prófunarinnar. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm praimerum frá mismunandi erfðamengissvæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm praimerum frá mismunandi erfðamengissvæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. og Aflatunyan, B. Samanburður á fimm settum af praimerum frá mismunandi svæðum í erfðamengi COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á 5 mismunandi erfðasvæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. og Aflatunyan B. Samanburður á fimm settum af praimerum frá mismunandi svæðum í COVID-19 erfðamenginu til að greina veirusýkingu með hefðbundinni RT-PCR.Íran. J. Örverufræði. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. o.fl. Bráðabirgðaniðurstöður landsáætlunar um utanaðkomandi gæðamat á greiningu erfðamengisröð SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. o.fl. Greiningarmat á virkni fimm RT-PCR búnaða fyrir alvarlegt bráða öndunarfærasjúkdóm af völdum kórónuveiru 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. o.fl. Mat á sjö SARS-CoV-2 RNA greiningarbúnaði sem fást í Kína og byggjast á rauntíma pólýmerasa keðjuverkun (PCR). klínísk. Efnafræði. rannsóknarstofa. læknisfræði. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB o.fl. Samanburður á sjö viðskiptalegum RT-PCR COVID-19 greiningarsettum. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, o.fl. Samanburður á greiningargetu tveggja PCR-setta til að greina SARS-CoV-2 kjarnsýrur. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, o.fl. Samanburðarrannsókn á fjórum SARS-CoV-2 kjarnsýrumagnunarprófunarkerfum (NAAT) sýndi að afköst ID NOW versnuðu verulega eftir sjúklingi og sýnistegund. greining. örverufræði. Sýkt. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott sameind. Fylgiseðill fyrir rauntíma SARS-CoV-2 greiningu Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Frá og með 10. ágúst 2020) (2020).
Klein, S. o.fl. Einangrun SARS-CoV-2 RNA með segulperlum til hraðrar greiningar í stórum stíl með RT-qPCR og RT-LAMP. Veira 12(8), 863 (2020).