Framkvæmd fjögurra kjarnsýrumögnunarprófa til að bera kennsl á SARS-CoV-2 í Eþíópíu

Þakka þér fyrir að heimsækja Nature.com. Þú ert að nota vafraútgáfu með takmarkaðan CSS stuðning. Til að fá bestu upplifunina mælum við með því að þú notir uppfærðan vafra (eða slökkva á eindrægnistillingu í Internet Explorer). Að auki, til að tryggja áframhaldandi stuðning, sýnum við síðuna án stíla og JavaScript.
Sýnir hringekju með þremur skyggnum í einu. Notaðu Fyrri og Næsta hnappana til að fara í gegnum þrjár skyggnur í einu, eða notaðu sleðahnappana í lokin til að fara í gegnum þrjár skyggnur í einu.
Síðan kransæðaveirusjúkdómurinn (COVID-19) braust út árið 2019, hafa mörg kjarnsýrumögnunarpróf (NAAT) verið þróuð um allan heim og hafa orðið staðlaðar prófanir. Þrátt fyrir að nokkur próf hafi verið þróuð fljótt og beitt á greiningarpróf á rannsóknarstofu, hefur árangur þessara prófa ekki verið metinn í ýmsum aðstæðum. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta árangur Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI og Sansure Biotech prófanna með því að nota Composite Reference Standard (CRS). Rannsóknin var gerð á Eþíópíu lýðheilsustöðinni (EPHI) dagana 1. til 30. desember 2020. 164 nefkokssýni voru dregin út með QIAamp RNA mini kit og Abbott DNA sýni undirbúningskerfinu. Af 164 sýnum voru 59,1% jákvæð og 40,9% neikvæð fyrir CRS. Sansure Biotech jákvæðni var marktækt lítil miðað við CRS (p < 0,05). Sansure Biotech jákvæðni var marktækt lítil miðað við CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech er ekki hægt að nota með CRS (p < 0,05). Jákvæðar niðurstöður Sansure Biotech voru marktækt lægri miðað við CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech var með marktækt færri jákvæðar niðurstöður samanborið við CRS (p < 0,05).Heildarsamræmi greininganna fjögurra var 96,3–100% miðað við CRS. Til viðbótar við lágt jákvæðnihlutfall Sansure Biotech prófsins, var árangur greinanna fjögurra næstum sambærilegur. Sem slík krefst Sansure Biotech [Research Only (RUO)] prófun frekari staðfestingar fyrir notkun þess í Eþíópíu. Að lokum ætti að íhuga frekari rannsóknir til að meta greiningar með viðeigandi fullyrðingum framleiðanda.
Rannsóknarstofuprófanir eru hluti af varnaráætlun Alþjóðaheilbrigðismálastofnunarinnar (WHO) fyrir kórónavírussjúkdóm 2019 (COVID-19) viðbúnað og viðbrögð (SPRP). WHO ráðleggur að lönd þurfi að byggja upp rannsóknarstofugetu til að bæta viðbúnað, rétta málastjórnun, árvekni og skjót viðbrögð við lýðheilsuáskorunum. Þetta bendir til þess að hlutverk rannsóknarstofunnar sé lykillinn að því að einkenna sjúkdóma og faraldsfræði smitefna sem eru að koma upp og stjórna útbreiðslu þeirra.
Greining á COVID-19 krefst faraldsfræðilegra og læknisfræðilegra upplýsinga, persónulegra einkenna/einkenna og röntgenmynda og rannsóknarstofugagna2. Frá því að COVID-19 braust út í Wuhan í Kína hafa mörg kjarnsýrumögnunarpróf (NAAT) verið þróuð um allan heim. Rauntíma umritunarpólýmerasa keðjuverkun (rRT-PCR) hefur verið notuð sem venjubundin og staðlað aðferð til að greina alvarlega bráða öndunarfæraheilkenni 2 (SARS-CoV-2)3 sýkingu á rannsóknarstofu. Sameindagreining á SARS-CoV-2 er venjulega byggð á N (nucleocapsid prótein gen), E (hjúpsprótein gen) og RdRp (RNA-háð RNA pólýmerasa gen) genum í ORF1a/b (opinn lestrarrammi 1a/b). gen) svæði sem er auðkennt úr erfðamengi veiru. Þau eru talin vera helstu varðveittu svæðin sem finnast í erfðamengi veiru fyrir veiruþekkingu4. Meðal þessara gena hafa RdRp og E genin mikið greiningarnæmi, en N genið hefur lítið greiningarnæmi5.
Frammistaða PCR-greininga getur verið mismunandi eftir ýmsum þáttum eins og: útdráttarhvarfefni, mögnunar-/greiningarhvarfefni, útdráttaraðferð, gæði PCR-vélarinnar og annarra tækja. Frá og með apríl 2020 hafa meira en 48 mismunandi greiningartæki frá níu löndum fengið neyðarnotkunarheimild (EUA) fyrir COVID-196 greiningu. Í Eþíópíu eru meira en 14 rauntíma PCR pallar notaðir til PCR uppgötvunar á SARS-CoV-2 hjá 26 lýðheilsustofnunum, þar á meðal ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 og Quant-studio7. Að auki eru ýmsir PCR prófunarsettir fáanlegir, svo sem Daan gen próf, Abbott SARS-CoV-2 próf, Sansure Biotech próf og SARS-CoV-2 BGI próf. Þrátt fyrir að rRT-PCR sé mjög viðkvæmt, tilkynna sumir sjúklingar með COVID-19 rangar neikvæðar niðurstöður vegna ófullnægjandi afrita af veiru ríbonucleic acid (RNA) í sýnum vegna óviðeigandi söfnunar, flutnings, geymslu og meðhöndlunar og rannsóknarstofuprófa. aðstæður og aðgerðir starfsfólks8. Að auki getur röng meðhöndlun sýnis eða eftirlits, stillingu hringrásarþröskulds (Ct) og víxlhvarfsemi við aðrar sjúkdómsvaldandi kjarnsýrur eða óvirkt/afgangs SARS-CoV-2 RNA leitt til rangra jákvæðra niðurstaðna í rRT-PCR9 mælingum. Þannig er ljóst að með PCR prófum er sannarlega hægt að bera kennsl á arfbera genabrota, þar sem þau geta ekki einu sinni greint á milli raunverulegra virkra veirugena, þannig að prófin geta aðeins greint arfbera en ekki sjúklinga10. Þess vegna er mikilvægt að meta frammistöðu greiningar með því að nota staðlaðar aðferðir í okkar umhverfi. Þrátt fyrir að mörg NAAT hvarfefni séu fáanleg hjá Eþíópíu lýðheilsustöðinni (EPHI) og um allt land, hefur enn ekki verið greint frá samanburðarmati á virkni þeirra. Þess vegna miðaði þessi rannsókn að því að meta samanburðarframmistöðu setta sem fáanlegir eru í verslun til að greina SARS-CoV-2 með rRT-PCR með klínískum sýnum.
Alls voru 164 þátttakendur með grun um COVID-19 með í þessari rannsókn. Meirihluti sýnanna var frá meðferðarstofnunum (118/164 = 72%) en hinir 46 (28%) þátttakendur voru frá stofnunum sem ekki voru í meðferð. Meðal þátttakenda sem ekki voru meðhöndlaðir á stöðinni voru 15 (9,1%) með klínískt grunað tilfelli og 31 (18,9%) höfðu samband við staðfest tilfelli. Níutíu og þrír (56,7%) þátttakendur voru karlmenn og meðalaldur (± SD) þátttakenda var 31,10 (± 11,82) ár.
Í þessari rannsókn var jákvætt og neikvætt hlutfall fjögurra prófa fyrir COVID-19 ákvarðað. Þannig var jákvæð hlutfall Abbott SARS-CoV-2 prófunar, Daan Gene 2019-nCoV prófunar, SARS-CoV-2 BGI prófunar og Sansure Biotech 2019-nCoV prófunar 59,1%, 58,5%, 57,9% og 55,5% í sömu röð. Jákvæð og neikvæð samsett viðmiðunarstaðal (CRS) stig voru 97 (59,1%) og 67 (40,9%), í sömu röð (tafla 1). Í þessari rannsókn var skilgreiningin á CRS byggð á „hvað sem er jákvætt“ reglunni, þar sem af fjórum prófunarniðurstöðum voru tvær eða fleiri prófunarniðurstöður sem gáfu sömu niðurstöðu taldar sannar jákvæðar eða neikvæðar.
Í þessari rannsókn fundum við neikvætt prósentusamþykki (NPA) upp á 100% (95% CI 94,6–100) fyrir allar greiningar miðað við CRS. Sansure líftæknigreiningin sýndi lágmarks PPA upp á 93,8% (95% CI 87,2-97,1) og Daan Gene 2019-nCoV greiningin hafði heildarsamræmi upp á 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Aftur á móti var heildarsamræmið á milli SARS-CoV-2 BGI prófsins og Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins 98,8% og 96,3%, í sömu röð (tafla 2).
Kappa-samræmisstuðull Cohens milli CRS og Abbott SARS-CoV-2 prófunarniðurstaðna var í fullu samræmi (K = 1,00). Að sama skapi eru kappagildi Cohens sem Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI og Sansure Biotech 2019-nCoV greindi einnig í fullu samræmi við CRS (K ≥ 0,925). Í þessari samanburðargreiningu sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar prófið) að niðurstöður Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins voru marktækt frábrugðnar CRS niðurstöðunum (p = 0,031) (tafla 2).
Eins og sýnt er á mynd.1 hlutfall lægsta Ct gildi (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 prófunar (samsett RdRp og N gen) var 87,6% og ORF1a/b gen Ct gildi Sansure Biotech 2019-nCoV prófunar sýndi að hlutfall lágs Ct gildis (< 50 Ct 3% og hátt Ct gildi) (< 50 Ct. Ct) var 3,2%. 1 hlutfall lægsta Ct gildi (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 prófunar (samsett RdRp og N gen) var 87,6% og ORF1a/b gen Ct gildi Sansure Biotech 2019-nCoV prófunar sýndi að hlutfall lágs Ct gildis (< 50 Ct 3% og hátt Ct gildi) (< 50 Ct. Ct) var 3,2%.Eins og sýnt er á mynd.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6 Ct Ot. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) kostnaður 50,3%, á высокое значения (36 Ct)–4 Ctначения kostnaður 3,2%. 1, hlutfall lægsta Ct gildi (< 20 Ct) greiningar á Abbott SARS-CoV-2 (samsett gen RdRp og N) var 87,6% og Ct gildi ORF1a/b genagreiningar Sansure Biotech 2019-nCoV sýndi að hlutfall lágs Ct gildi (< 20, Ct gildi) (< 20, Ct gildi) stóð fyrir. (36–40 Ct) nam 3,2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（< 20% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct 值(36)的百分比为3,2%. Eins og sýnt er á mynd 1 er lægsta Ct gildishlutfallið (< 20 Ct) Abbott SARS-CoV-2 prófs (samsetning RdRp og N gena) 87,6%, ORF1a/b gen Ct gildi Sansure Biotech 2019-nCoV prófsins sýnir lágt Ct值 (< 50 Ct,%, ± 20 Ct)高Ct 值(36–40 Ct) 的 hlutfall er 3,2%. Hvernig á að nota á рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентное (2 Ctчентное) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Eins og sést á mynd 1 var Abbott SARS-CoV-2 prófið (sem sameinar RdRp og N genin) lægsta prósentu Ct gildi (< 20 Ct) við 87,6%, en Ct gildi ORF1a/b gensins í Sansure Biotech 2019 rannsókninni - Greining á nCoV sýndi lágt CVt. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Hlutfall gilda (< 20 Ct) var 50,3% og hlutfall há Ct gildi (36–40 Ct) var 3,2%.Abbott SARS-CoV-2 B prófið skráði Ct gildi yfir 30. Á hinn bóginn, í BGI SARS-CoV-2 prófinu hafði ORF1a/b genið hátt Ct gildi (> 36 Ct) hlutfall var 4% (mynd 1). Á hinn bóginn, í BGI SARS-CoV-2 prófinu hafði ORF1a/b genið hátt Ct gildi (> 36 Ct) hlutfall var 4% (mynd 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого состалиса (1%). Á hinn bóginn, í greiningu á BGI SARS-CoV-2 geni hafði ORF1a/b hátt Ct gildi (> 36 Ct), en hlutfall þeirra var 4% (mynd 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为。 Á hinn bóginn, í BGI SARS-CoV-2 greiningu, er hlutfall ORF1a/b gena með hátt Ct gildi (>36 Ct) 4% (Mynd 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b með высокими значениями Ct (>36 Ct) hæð 41% (rís.). Á hinn bóginn, í BGI SARS-CoV-2 greiningu, var hlutfall ORF1a/b gena með há Ct gildi (>36 Ct) 4% (mynd 1).
Í þessari rannsókn tókum við 164 sýni úr nefkoki. Fyrir allar gerðir greininga var RNA einangrun og mögnun framkvæmd með þeim aðferðum og settum sem viðkomandi framleiðendur mæla með.
Þessi rannsókn sýndi fram á að próf Abbotts fyrir SARS-CoV-2 hefur sömu greiningargetu og CRS, með 100% jákvæða, neikvæða og heildarsamræmi. Kappasamningur Cohen er 1.00, sem gefur til kynna fullt samkomulag við CRS. Svipuð rannsókn við háskólann í Washington í Bandaríkjunum leiddi í ljós að heildarnæmni og sérhæfni Abbott prófsins fyrir SARS-CoV-2 var 93% og 100%, í sömu röð, samanborið við rannsóknarstofuákvörðuð próf (LDA) CDC. 11. Abbott SARS-CoV-2 greiningarkerfið er byggt á samtímis samsettri uppgötvun N- og RdRp-genanna, þar sem bæði genin eru næmari, sem lágmarkar falskar neikvæðar12. Rannsókn í Vín í Austurríki sýndi einnig að mikið magn útdráttarsýna og magn eluents til greiningar lágmarkaði þynningaráhrif og jók skilvirkni greiningar13. Þannig er hægt að tengja fullkomna samsvörun Abbott fyrir SARS-CoV-2 prófið við vettvangsgreiningarkerfi sem skynjar samtímis samsett gen, dregur út mikinn fjölda sýna (0,5 ml) og notar mikið magn af skolefni (40 µl).
Niðurstöður okkar sýndu einnig að greiningarárangur Daan erfðaprófsins var næstum sá sami og CRS. Þetta er í samræmi við rannsókn14 sem gerð var við Anhui háskólann í Huainan, Kína, og fullyrðingu framleiðandans um 100% jákvætt samkomulag. Þrátt fyrir skýrslur um samkvæmar niðurstöður var eitt sýni falskneikvætt eftir endurprófun á sama skolvatni, en var jákvætt í Abbott SARS-CoV-2 og Sansure Biotech nCoV-2019 prófunum. Þetta bendir til þess að breytileiki gæti verið í niðurstöðum milli mismunandi tegunda greininga. Engu að síður, í rannsókninni sem gerð var í Kína15, var niðurstaða Daan Gene prófsins marktækt frábrugðin (p < 0,05) samanborið við rannsóknarstofuskilgreint viðmiðunarpróf þeirra. Engu að síður, í rannsókninni sem gerð var í Kína15, var niðurstaða Daan Gene prófsins marktækt frábrugðin (p < 0,05) samanborið við rannsóknarstofuskilgreint viðmiðunarpróf þeirra. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Hins vegar, í rannsókn í Kína15, var greiningarniðurstaða Daan Gene marktækt frábrugðin (p < 0,05) en viðmiðunargreiningu þeirra á rannsóknarstofu.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались в Китае15 (p < 0,юсра) его эталонным лабораторным тестом. Hins vegar, í rannsókn í Kína15, voru niðurstöður erfðaprófs Daans marktækt frábrugðnar (p < 0,05) miðað við viðmiðunarrannsóknarstofupróf hans.Þetta misræmi gæti stafað af næmi viðmiðunarprófsins til að greina SARS-CoV-2 og frekari rannsóknir gætu verið mikilvægar til að ákvarða orsökina.
Að auki metin rannsókn okkar samanburðarframmistöðu SARS-CoV-2 BGI prófsins með CRS, sem sýndi frábært jákvætt prósentusamþykki (PPA = 97,9%), neikvætt prósentusamþykki (NPA = 100%) og heildarhlutfallssamræmi eftir kyni (OPA). ). = 98,8%). Kappa gildi Cohen sýndu gott samræmi (K = 0,975). Rannsóknir í Hollandi16 og Kína15 hafa sýnt stöðugar niðurstöður. SARS-CoV-2 BGI prófið er eitt gena (ORF1a/b) greiningarpróf sem notar 10 µl mögnunar-/greiningarskolun. Þrátt fyrir gott tölfræðilegt samræmi við viðmiðunarniðurstöður okkar missti greiningin tvö jákvæð sýni (1,22%) af heildarsýninu. Þetta getur haft gríðarleg klínísk áhrif á flutningsvirkni bæði á sjúklinga- og samfélagsstigi.
Önnur samanburðargreining sem var með í þessari rannsókn var Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) prófið; heildarprósenta samsvörunar var 96,3%. Styrkur samningsins var einnig ákvarðaður af Cohen's Kappa gildinu, sem var 0,925, sem gefur til kynna fullt samræmi við CRS. Aftur, niðurstöður okkar eru eins og rannsóknir sem gerðar voru við Central South University í Changsha, Kína, og á klínískri rannsóknarstofudeild Liuzhou People's Hospital, Liuzhou City, Kína17. Jafnvel þó að ofangreind góð tölfræðileg samsvörun hafi verið skráð sýndi kí-kvaðrat prófið (MacNemar próf) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hefur haft tölfræðilega marktækan mun samanborið við CRS (p < 0,005). Jafnvel þó að ofangreind góð tölfræðileg samsvörun hafi verið skráð sýndi kí-kvaðrat prófið (MacNemar próf) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hefur haft tölfræðilega marktækan mun samanborið við CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, криратерикхий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие сравнению с CRS (pd. 5 <). Þótt hið góða tölfræðilega samræmi hér að ofan hafi verið skráð sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar prófið) að niðurstaða Sansure Biotech prófsins hafði tölfræðilega marktækan mun miðað við CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure CR Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 （(p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。〉。〼〉 Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) steady значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech og CRS. Þrátt fyrir gott tölfræðilegt samræmi sem bent er á hér að ofan sýndi kí-kvaðrat prófið (McNemar próf) tölfræðilega marktækan mun (p < 0,005) á Sansure Biotech prófinu og CRS.Sex sýni (3,66%) reyndust vera fölsk neikvæð samanborið við CRS (viðbótartafla 1); þetta er mjög mikilvægt, sérstaklega í ljósi gangverks smits vírusins. Ofangreind gögn styðja einnig þetta lága greiningarhlutfall15.
Í þessari rannsókn voru Ct gildi ákvörðuð fyrir hverja greiningu og viðkomandi vettvang, með lægsta meðalgildi Ct sem greint var frá í Abbott SARS-CoV-2 prófinu. Þessi niðurstaða gæti tengst samtímis sameinuðu erfðaprófunarkerfi Abbott til að greina SARS-CoV-2. Þess vegna, samkvæmt mynd 1, voru 87,6% af Abbott SARS-CoV-2 niðurstöðum með Ct gildi undir 20. Aðeins lítill fjöldi úrtaksniðurstaðna (12,4%) var á bilinu 20-30. Ct gildi yfir 30 voru ekki skráð. Til viðbótar við notkun Abbott á SARS-CoV-2 spjaldið erfðaprófunarsniði, gæti þessi niðurstaða tengst lægri greiningarmörkum (32,5 RNA eintök/ml)18, sem er þrisvar sinnum lægri en neðri mörk fyrirtækisins, 100 RNA eintök/ml. ml)19.
Þessi rannsókn hefur nokkrar takmarkanir: Í fyrsta lagi höfum við ekki staðlaðar/viðmiðunaraðferðir [svo sem veiruálag eða önnur rannsóknarstofupróf (LDA)] vegna skorts á fjármagni. Í öðru lagi voru öll sýni sem notuð voru í þessari rannsókn úr nefkoki, á meðan niðurstöðurnar áttu ekki við um aðrar sýnistegundir og í þriðja lagi var sýnishornið okkar lítið.
Þessi rannsókn bar saman árangur fjögurra rRT-PCR prófana fyrir SARS-CoV-2 með því að nota sýni úr nefkoki. Allar greiningarprófanir höfðu næstum sambærilegan árangur, að Sansure Biotech prófinu undanskildu. Að auki var lágt hlutfall jákvæðni greint í Sansure Biotech prófinu samanborið við CRS (p < 0,05). Að auki var lágt hlutfall jákvæðni greint í Sansure Biotech prófinu samanborið við CRS (p < 0,05). Hafðu samband við Sansure Biotech og hefur ekki fengið nýja aðferð við notkun á CRS (p < 0,05). Að auki sýndi Sansure Biotech prófið lágt hlutfall jákvæðra niðurstaðna samanborið við CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Að auki var Sansure Biotech prófið með lægri jákvæðni miðað við CRS (p < 0,05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) greiningin á PPA, NPA og heildarsamkomulagi fór yfir 93,5% með Cohen Kappa styrkleika samningsgildisins 0,925. Að lokum þarf Sansure líftæknigreiningin (RUO) frekari staðfestingar til notkunar í Eþíópíu og frekari rannsóknir ættu að íhuga til að meta fullyrðingar frá einstökum framleiðendum.
Samanburðarrannsóknarhönnun var gerð á fjórum heilsugæslustöðvum í Addis Ababa, Eka Kotebe sjúkrahúsinu, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital og St. Peter's berklasérfræðingasjúkrahúsinu. Gögnunum var safnað á tímabilinu 1. til 31. desember 2020. Læknisaðstöðu fyrir þessa rannsókn var markvisst valin út frá miklum fjölda tilfella og framboði á helstu meðferðarstofnunum í borginni. Á sama hátt voru tæki, þar á meðal ABI 7500 og Abbott m2000 rauntíma PCR tækin, valin í samræmi við ráðleggingar NAAT hvarfefnaframleiðenda og fjögur PCR greiningarsett voru valin fyrir þessa rannsókn, þar sem flestar rannsóknarstofur í Eþíópíu notuðu að minnsta kosti fjögur þeirra. Genpróf, Abbott SARS-CoV-2 próf, Sansure Biotech próf og SARS-CoV-2 BGI próf sem var gert meðan á rannsókninni stóð).
Prófanir á SARS-CoV-2 voru framkvæmdar frá 1. til 30. desember 2020 með því að nota 3 ml af veiruflutningsmiðli (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kína) frá einstaklingum sem eru í rannsókn vegna COVID-19 sem vísað er til EPHI. Sýnum úr nefkoki var safnað af þjálfuðum sýnatökumönnum og send til EPHI í þreföldum pakkningum. Áður en kjarnsýrueinangrun fer fram er hverju sýni úthlutað einstöku auðkennisnúmeri. Útdráttur er gerður úr hverju sýni strax við komu með handvirkum og sjálfvirkum útdráttaraðferðum. Þannig, fyrir sjálfvirkan útdrátt Abbott m2000, voru 1,3 ml (þar með talið 0,8 ml dautt rúmmál og 0,5 ml útdráttarinntaksrúmmál) af sýninu dreginn úr hverju sýni og farið í gegnum Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Lota af 96 [92 sýnum, tveimur uppgötvunarstýringum og tveimur viðmiðunarstýringum án sniðmáta (NTC)] var innifalinn í heildarferlinu (endurheimt og uppgötvun) tveggja lota af SARS-CoV-2 (EUA) í rauntíma. námuvinnslu. Á sama hátt, fyrir handvirka útdrátt, notaðu sömu sýnin (fyrir sjálfvirka útdrátt og uppgötvun). Þannig, í gegnum allt ferlið, voru 140 µl sýni tekin út og dregin út með því að nota QIAamp Veiru RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Þýskalandi) í lotum af 24 (þar á meðal 20 sýni, tvö prófunarviðmið og tvö NTC) í níu lotum. Handvirkt útdrætt skolefni var magnað upp og greint með því að nota ABI 7500 varma hringrás með því að nota SARS-CoV-2 BGI próf, Daan Gene próf og Sansure Biotech próf.
Sjálfvirk einangrun og hreinsun á SARS-CoV-2 veiru RNA fylgir segulperlureglunni með því að nota Abbott DNA sýnis undirbúnings hvarfefni. Óvirkjun sýna og leysing veiruagna er framkvæmd með því að nota þvottaefni sem inniheldur guanidínísóþíósýanat til að afmenga próteinið og gera RNase óvirkt. RNA er síðan aðskilið frá próteininu með fastfasaaðskilnaði með kísil, þ.e. guanidínsaltið og basískt pH-gildi lýsispúðans stuðla að bindingu kjarnsýranna við kísilinn (SiO2). Skolunarskrefið fjarlægir prótein og rusl sem eftir eru til að framleiða tæra lausn. Gegnsætt RNA er einangrað úr kísil-undirstaða örögnum með því að nota segulsvið tækisins20,21. Aftur á móti er handvirk einangrun og hreinsun á RNA framkvæmt með snúningssúluaðferðinni með skilvindu í stað segulmagnaðir standar og aðskilnaður öragna frá skolefninu.
Abbott rauntíma SARS-CoV-2 greiningarprófið (Abbott Molecular, Inc.) var framkvæmt samkvæmt leiðbeiningum framleiðanda, sem fékk EUA19,22 frá WHO og FDA. Í þessari samskiptareglu var óvirkjun sýnis fyrir útdrátt framkvæmd í vatnsbaði við 56 °C í 30 mínútur. Eftir óvirkjun vírusa var kjarnsýruútdráttur framkvæmdur á Abbott m2000 SP tæki úr 0,5 ml VTM með því að nota Abbott m2000 DNA sýni undirbúningskerfi. samkvæmt framleiðanda. Mögnun og uppgötvun var framkvæmd með Abbott m2000 RT-PCR tæki og tvíþætt uppgötvun var framkvæmd fyrir RdRp og N genin. ROX) og VIC P (eignarlitarefni) til að miða og greina innra eftirlit, sem gerir kleift að greina bæði mögnunarafurðirnar samtímis 19 .
Mögnunargreiningaraðferð þessa setts byggir á eins skrefs RT-PCR tækni. ORF1a/b og N genin voru valin sem varðveitt svæði af Daan genatækni til að greina mögnun marksvæðis. Sérstakir primers og flúrljómandi rannsaka (N gena rannsakar merktir FAM, ORF1a/b rannsakar merktir VIC) hafa verið hannaðir til að greina SARS-CoV-2 RNA í sýnum. Lokaskolunarefnið og aðalblandan voru útbúin með því að bæta 5 µl af skolefni við 20 µl af aðalblöndunni að lokarúmmáli 25 µl. Mögnun og uppgötvun voru framkvæmd samtímis á ABI 750024 rauntíma PCR tæki.
ORF1a/b og N genin voru greind með Sansure Biotech nCoV-2019 kjarnsýrugreiningarsettinu (flúrljómandi PCR uppgötvun). Undirbúðu sérstakar rannsaka fyrir hvert markgen með því að velja FAM rásina fyrir ORF1a/b svæðið og ROX rásina fyrir N genið. Við þetta prófunarsett er skolefni og aðalblöndu hvarfefnum bætt sem hér segir: undirbúið 30 µl master mix hvarfefni og 20 µl skolað sýni til greiningar/mögnunar. Rauntíma PCR ABI 750025 var notað til mögnunar/greiningar.
SARS-CoV-2 BGI prófið er flúrljómandi rauntíma rRT-PCR sett til að greina COVID-19. Marksvæðið er staðsett á ORF1a/b svæðinu í SARS-CoV-2 erfðamengi, sem er ein genagreiningaraðferð. Að auki er mannleg húshaldsgen β-aktín innbyrðis stjórnað markgen. Aðalblandan er útbúin með því að blanda 20 µl af master mix hvarfefninu og 10 µl af útdregnu RNA sýninu í brunnplötu26. ABI 7500 flúrljómandi magnbundið rauntíma PCR tæki var notað til mögnunar og greiningar. Öll kjarnsýrumögnun, PCR keyrsluskilyrði fyrir hverja greiningu og túlkun á niðurstöðum voru framkvæmd samkvæmt leiðbeiningum viðkomandi framleiðanda (tafla 3).
Í þessari samanburðargreiningu notuðum við ekki staðlaða viðmiðunaraðferðina til að ákvarða prósentusamræmi (jákvætt, neikvætt og í heild) og aðrar samanburðarbreytur fyrir greiningarnar fjórar. Hver prófsamanburður var gerður með CRS, í þessari rannsókn var CRS sett af reglunni „allt jákvætt“ og niðurstaðan var ákvörðuð, ekki með einu prófi, við notuðum að minnsta kosti tvær samsvörunar niðurstöður. Að auki, þegar um er að ræða COVID-19 smit, eru rangar neikvæðar niðurstöður hættulegri en rangar jákvæðar niðurstöður. Þess vegna, til að segja „jákvætt“ eins nákvæmlega og hægt er út frá CRS niðurstöðu, verða að minnsta kosti tvö prófunarpróf að vera jákvæð, sem þýðir að að minnsta kosti ein jákvæð niðurstaða er líkleg til að koma úr EUA prófi. Þannig, af fjórum prófunarniðurstöðum, eru tvær eða fleiri prófunarniðurstöður sem gefa sömu niðurstöðu taldar sannar jákvæðar eða neikvæðar18,27.
Gögnum var safnað með því að nota skipulögð gagnaútdráttareyðublöð, gagnafærsla og greining voru framkvæmd með Excel tölfræðihugbúnaði og SPSS útgáfu 23.0 fyrir lýsandi tölfræði. Jákvætt, neikvætt og heildarprósenta samræmi voru greind og Kappa stig var notað til að ákvarða hversu samræmi hver aðferð er við CRS. Kappa gildin eru túlkuð sem hér segir: 0,01 til 0,20 fyrir vægt samkomulag, 0,21 til 0,40 fyrir almennt samkomulag, 0,41-0,60 fyrir hóflegt samkomulag, 0,61-0,80 fyrir meiriháttar samkomulag og 0,81-0,99 fyrir fullkomið samkomulag28.
Siðferðileg úthreinsun var fengin frá háskólanum í Addis Ababa og allar tilraunareglur fyrir þessa rannsókn voru samþykktar af vísindasiðfræðinefnd Eþíópíu Lýðheilsustofnunar. Tilvísunarnúmerið fyrir EPHI Ethics License er EPHI/IRB-279-2020. Öllum aðferðum var beitt í samræmi við ráðleggingar og ákvæði eþíópískra alhliða leiðbeininga um meðferð COVID-19. Að auki var fengið skriflegt upplýst samþykki allra þátttakenda í rannsókninni fyrir þátttöku í rannsókninni.
Öll gögn sem aflað er eða greind í þessari rannsókn eru innifalin í þessari birtu grein. Gögn sem styðja niðurstöður þessarar rannsóknar eru fáanleg frá viðkomandi höfundi ef sanngjarnt er óskað.
Alþjóðaheilbrigðismálastofnunin. Ráðleggingar um prófunaraðferðir á rannsóknarstofu fyrir COVID-19: Bráðabirgðaleiðbeiningar, 21. mars 2020 nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 snjöll greining á bráðadeild: Allt í framkvæmd. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 snjöll greining á bráðadeild: Allt í framkvæmd.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. og Gurgulianis, KI Greind greining á COVID-19 á bráðamóttöku: allt í reynd.Muliou DS, Pantazopoulos I. og Gurgulyanis KI Greind greining á COVID-19 á bráðadeildum: samþætting frá lokum til enda í reynd. Sérfræðingur séra Respire. lyf. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu. Mitchell, SL & St George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu.Mitchell, SL og St. George, K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu.Mitchell SL og St. George K. Mat á COVID19 ID NOW EUA prófinu. J. Klínísk. Veira. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Rannsóknarstofa uppgötvun kransæðasjúkdóms 2019 (COVID-19) í grunuðum sjúkdómum í mönnum. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (sótt 15. ágúst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. o.fl. COVID-19 greining: Sjúkdómar og prófunartæki. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. o.fl. Stofnun College of Pathologists of Eastern, Central and Southern Africa – Regional School of Pathology of the Middle East and South Africa. Afríku. J. Lab. lyf. 9(1), 1-8 (2020).
Eþíópíska lýðheilsustofnunin, alríkisheilbrigðisráðuneytið. Landsáætlun og leiðbeiningar til bráðabirgða fyrir greiningu á rannsóknarstofu á COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (sótt 12. ágúst 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk neikvæð próf fyrir SARS-CoV-2 sýkingaráskoranir og afleiðingar. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsk neikvæð próf fyrir SARS-CoV-2 sýkingaráskoranir og afleiðingar.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS Fölsk neikvæð próf fyrir SARS-CoV-2 sýkingar og afleiðingar þeirra.Voloshin S., Patel N. og Kesselheim AS Falsk-neikvæðar próf fyrir ögrun og áhrif SARS-CoV-2 sýkingar. N. Eng. J. Læknisfræði. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskjákvæð og fölsk-neikvædd COVID-19 tilvik: Öndunarforvarnir og stjórnunaraðferðir, bólusetning og frekari sjónarmið. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falskjákvæð og fölsk-neikvædd COVID-19 tilvik: Öndunarforvarnir og stjórnunaraðferðir, bólusetning og frekari sjónarmið. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Fölsk jákvæð og fölsk neikvæð tilfelli af COVID-19: öndunarvarnir og meðferðaraðferðir, bólusetning og leiðin fram á við.Muliu, DS og Gurgulianis, KI Falsk-jákvæð og fölsk-neikvædd tilfelli af COVID-19: aðferðir til að koma í veg fyrir og meðhöndla öndunarfæri, bólusetningu og leiðina fram á við. Sérfræðingur séra Respire. lyf. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 greining á bráðamóttöku: Að sjá tréð en missa skóginn. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 greining á bráðamóttöku: Að sjá tréð en missa skóginn.Mouliou, DS, Ioannis, P. og Konstantinos, G. COVID-19 Greining á bráðamóttöku: Sjáðu tréð, týndu skóginum.Muliou DS, Ioannis P., og Konstantinos G. COVID-19 greining á bráðamóttöku: Ekki nægur skógur fyrir trén. Birtast. lyf. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. o.fl. Staðfesting og staðfesting á greiningu og klínískri frammistöðu Abbott RealTime SARS-CoV-2 prófunar. J. Klínísk. Veira. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm grunnsettum frá mismunandi erfðamengissvæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundnum RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á fimm grunnsettum frá mismunandi erfðamengissvæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundnum RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. og Aflatunyan, B. Samanburður á fimm settum primers frá mismunandi svæðum í COVID-19 erfðamengi til að greina veirusýkingu með hefðbundnum RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Samanburður á 5 mismunandi erfðafræðilegum svæðum COVID-19 til að greina veirusýkingu með hefðbundnum RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. og Aflatunyan B. Samanburður á fimm settum primers frá mismunandi svæðum í COVID-19 erfðamengi til að greina veirusýkingu með hefðbundnum RT-PCR.Íran. J. Örverufræði. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. o.fl. Bráðabirgðaniðurstöður innlendrar ytri gæðamatsáætlunar til að greina SARS-CoV-2 erfðamengisraðir. J. Klínísk. Veira. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. o.fl. Greinandi mat á virkni fimm RT-PCR-setta fyrir alvarlegt brátt öndunarfæraheilkenni Coronavirus 2. J. Clinical. rannsóknarstofu. endaþarmsop. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. o.fl. Mat á sjö SARS-CoV-2 RNA greiningarsettum sem eru fáanlegar í verslun í Kína byggt á rauntíma pólýmerasa keðjuverkun (PCR). klínískt. Efnafræðileg. rannsóknarstofu. lyf. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB o.fl. Samanburður á sjö viðskiptalegum RT-PCR COVID-19 greiningarsettum. J. Klínísk. Veira. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, o.fl. Samanburður á greiningarárangri tveggja PCR setta til að greina SARS-CoV-2 kjarnsýrur. J. Klínísk. rannsóknarstofu. endaþarmsop. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, o.s.frv. Samanburðarrannsókn á fjórum SARS-CoV-2 kjarnsýrumögnunarprófunarpöllum (NAAT) sýndi að árangur ID NOW var verulega skertur eftir sjúklingi og sýnistegund. greiningu. örverufræði. Smitast. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott sameind. Abbott rauntíma SARS-CoV-2 greiningarpakka. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Frá og með 10. ágúst 2020) (2020).
Klein, S. o.fl. SARS-CoV-2 RNA einangrun með segulperlum til að greina hratt í stórum stíl með RT-qPCR og RT-LAMP. Veira 12(8), 863 (2020).